【百創(chuàng)智造S3000空間單細胞分割實測數據】
物種信息：小鼠
測序策略：Illumina PE150
分析軟件點擊下載>>：BSTMatrix
參考基因組版本：GRCm38_release95
Demo數據點擊下載>>：百創(chuàng)S3000空間轉錄芯片鼠腦Demo數據
【實測數據分析結果概覽】
細胞分割結果
| Type | Number of Cells | Median Genes per Cells | Median UMI Counts per Cells | Total Genes Detected |
| Value | 94020 | 1999 | 3892 | 37080 |
基于細胞分割的聚類結果
數據情況
| Type | Number | Percent(%) |
| Number of Reads | 1,647,163,344 | |
| Valid Barcodes | 1,518,333,646 | 92.18 |
| Valid UMIs | 1,634,484,110 | 99.23 |
| Final Valid Reads | 1,517,476,104 | 92.13 |
比對概覽
| Type | Percent(%) |
| Reads Mapped to Genome | 98.14% |
| Reads Mapped Confidently to Genome | 87.4% |
| Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions | 3.36% |
| Reads Mapped Confidently to Intronic Regions | 3.94% |
| Reads Mapped Confidently to Exonic Regions | 80.1% |
| Reads Mapped Confidently to Transcriptome | 80.15% |
飽和度
| Tpyes | Sequencing Saturation | Fraction Reads in Spots Under Tissue |
| Values | 68.67% | 92.07% |
多級分辨率結果
| Level | L18
(100μm) |
L9
(50μm) |
L7
(36μm) |
L6
(30μm) |
L5
(24μm) |
L4
(18μm) |
L3
(12μm) |
L2
(6μm) |
L1
(3.5μm) |
| Number of
SupSpots |
3,535 | 14,971 | 25,592 | 35,712 | 53,277 | 87,809 | 170,996 | 464,159 | 2,622,153 |
| Median Genes
?per SupSpot |
11,007 | 6,244 | 4,654 | 3,793 | 2,909 | 2,026 | 1,198 | 510 | 107 |
| Median UMI Counts per SupSpot | 99,970 | 23,612 | 13,799 | 9,867 | 6,608 | 3,990 | 2,034 | 742 | 130 |
| Total Genes Detected | 37,152 | 37,154 | 37,162 | 37,163 | 37,157 | 37,161 | 37,163 | 37,165 | 37,165 |
基于BIN的部分多級聚類結果
百創(chuàng)S3000腦數據與某平臺數據Demo比較
百創(chuàng)S3000空間轉錄芯片
百創(chuàng)空間轉錄組以原片無錯高清H&E+原片無錯熒光+原片測序，“三片合一”實現精準的細胞分割，將空間轉錄組推進到單細胞分辨率的領域。
本著持續(xù)創(chuàng)新，深耕時空領域的決心，經過又潛心研發(fā)，百創(chuàng)智造于2024年3月27日在山東青島正式發(fā)布了百創(chuàng)S3000空間轉錄組芯片，讓空間組學的性能再進一步。
百創(chuàng)S3000在6.8mm*6.8mm的捕獲區(qū)域內鋪設了4,144,770個捕獲位點，相鄰兩個捕獲位點的中心距為3.5μm。
相較于現在廣受市場認可與好評的百創(chuàng)S1000轉錄組芯片，捕獲位點數提升近2倍，分辨率同樣提升近2倍
在相同的測序飽和度下，單細胞級別分辨率下中位UMI提升了30%~70%，中位基因數提升30%-60%。
如果您對百創(chuàng)S3000技術感興趣，歡迎聯系我們
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