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T2T基因組

從端粒到端粒的gapfree/gapless基因組

技術(shù)介紹

T2T基因組(Telomere-to-Telomere)，即端粒至端粒的完整基因組組裝的簡(jiǎn)稱，是更完整基因組的代表。T2T基因組主要是通過(guò)多種測(cè)序平臺(tái)、高深度測(cè)序，結(jié)合多種軟件方式來(lái)獲得具有端粒與著絲粒的的gap-free或gap-less的高質(zhì)量基因組。端粒為真核生物染色體末端的一種特殊結(jié)構(gòu)，由 DNA重復(fù)序列和特異結(jié)合蛋白組成的復(fù)合體。高等生物的著絲粒由數(shù)千個(gè)高度重復(fù)單元串聯(lián)形成。而這些重復(fù)區(qū)域高度復(fù)雜，是三代測(cè)序與組裝中的難點(diǎn)，也是T2T基因組重點(diǎn)攻克對(duì)象。T2T基因組的構(gòu)建將進(jìn)一步助力物種基因組中復(fù)雜區(qū)域的解析，尤其是早期難以被破解的“黑色領(lǐng)域”，可為物種的深度研究提供重要的基礎(chǔ)信息。

T2T基因組解析高度復(fù)雜區(qū)域 Gladman N et al., Current Opinion in Biotechnology, 2023

技術(shù)特點(diǎn)

  • 可以獲得高準(zhǔn)確性、高連續(xù)性、高完整性的端粒到端粒的高質(zhì)量基因組

  • 可以克服著絲粒和高重復(fù)區(qū)域的組裝難題

  • 可以克服著絲粒和高重復(fù)區(qū)域的組裝難題

  • 探索染色體的起源, 馴化以及鑒定性別關(guān)鍵基因

技術(shù)路線

T2T基因組技術(shù)路線

測(cè)序策略

測(cè)序類型

完成周期

組裝指標(biāo)

測(cè)序深度

文庫(kù)大小
PacBio?HiFi 3-6個(gè)月（組裝注釋）

（視物種具體情況而定）

 至少一條染色體達(dá)到T2T

（視物種具體情況而定）

 基因組≥60x 15-20kb
ONT?Ultra-long 基因組≥40x 50kb/100kb/150kb

結(jié)果展示

家雞T2T基因組組裝 (Huang Z et al., PNAS, 2023)
西瓜G42 T2T基因組與97103v2基因組共線性分析 (Deng Y et al., Molecular Plant, 2020)

百邁客生物服務(wù)優(yōu)勢(shì)

同時(shí)具備主流三代測(cè)序平臺(tái)PacBio與Nanopore，通量充足，測(cè)序模式隨心選

多年基因組組裝項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，專業(yè)的個(gè)性化分析團(tuán)隊(duì)，T2T基因組可輕松應(yīng)對(duì)

基因組成功案例200+，影響因子2000+

實(shí)驗(yàn)與生信分析，軟著+專利雙重加持

合作案例文獻(xiàn)

百邁客生物服務(wù)流程

  • 樣品寄送

  • 建庫(kù)測(cè)序

  • 數(shù)據(jù)分析

  • 出具報(bào)告

  • 售后答疑