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BSA關(guān)聯(lián)定位分析

快速，準(zhǔn)確，高性價(jià)比

高效快速基因定位策略

BSA分析是將分離群體中表現(xiàn)出極端性狀的個(gè)體混合起來(lái)構(gòu)建兩個(gè)混池，通過(guò)分析兩個(gè)混池間差異序列，快速定位與目的基因緊密連鎖分子標(biāo)記的分析方法，該方法廣泛應(yīng)用于動(dòng)植物基因定位中。

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個(gè)性化分析方案

BSA分析以其快速、準(zhǔn)確、性價(jià)比高的分析特點(diǎn)在許多物種的幾十個(gè)性狀上得到廣泛應(yīng)用

針對(duì)特定的群體和性狀，我們將會(huì)推薦合理的分析方案

  • 物種取樣

  • 建庫(kù)測(cè)序

  • 標(biāo)記開(kāi)發(fā)

  • 關(guān)聯(lián)分析

分析內(nèi)容

根據(jù)物種基因組大小、復(fù)雜度和研究目的，可以選擇不同的分析策略，包括重測(cè)序-BSA及其突變體分析形式Mutmap。

測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控；與參考基因組比對(duì)；SNP、InDel檢測(cè)和注釋；關(guān)聯(lián)分析；關(guān)聯(lián)區(qū)域注釋

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

百邁客成功完成了近1000個(gè)物種的10000多個(gè)性狀的定位工作

項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)及其豐富，目前已發(fā)表文章80+，累計(jì)影響影子300+

可根據(jù)項(xiàng)目需要選擇最佳分析方案，保障結(jié)果精準(zhǔn)

選材要求及測(cè)序方案

取樣要求 測(cè)序方案 項(xiàng)目周期
重測(cè)序-BSA需要有參考基因組的物種 Illumina測(cè)序平臺(tái)，PE150測(cè)序策略，保證Q30達(dá)到80% 45天
具有重要農(nóng)藝性狀個(gè)體構(gòu)建的遺傳群體（F2、RIL、DH、BC等）） 推薦混池中每個(gè)子代測(cè)序深度≥1×，每個(gè)親本≥20×
子代混池規(guī)模：質(zhì)量性狀不低于30+30，數(shù)量性狀推薦選取群體規(guī)模的5%-10%，同時(shí)不低于30+30的個(gè)體數(shù)

測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與評(píng)估

高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)是進(jìn)行后續(xù)分析的重要基礎(chǔ)，在獲得測(cè)序的Raw data后，我們將會(huì)進(jìn)行測(cè)序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)、堿基測(cè)序質(zhì)量分布、堿基類型分布等多種測(cè)序評(píng)估方式，保證測(cè)序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性。

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遺傳變異檢測(cè)

SNP（Single Nucleotide Polymorphism）及InDel（Insertion-Deletion）是基因組上最為常見(jiàn)的遺傳標(biāo)記，具有數(shù)量多、多態(tài)性豐富的特點(diǎn)，SNP和InDel的檢測(cè)主要通過(guò)GATK和samtools軟件工具包實(shí)現(xiàn)，變異位點(diǎn)注釋使用SnpEff軟件。

關(guān)聯(lián)分析

根據(jù)親本和混池的SNP及Indel標(biāo)記，利用SNP-Index和ED分析方法同時(shí)進(jìn)行標(biāo)記與性狀的關(guān)聯(lián)分析，獲得與目標(biāo)性狀相關(guān)的基因。

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關(guān)聯(lián)區(qū)域注釋

應(yīng)用BLAST軟件對(duì)候選區(qū)間內(nèi)的編碼基因進(jìn)行多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)（NR、Swiss-Prot、GO、KEGG、COG）的深度注釋，通過(guò)詳細(xì)的注釋，進(jìn)一步縮小關(guān)聯(lián)區(qū)域，快速篩選候選基因。

成功案例

【項(xiàng)目文章】轉(zhuǎn)錄組BSR揭示玉米S型細(xì)胞質(zhì)雄性不育的育性不穩(wěn)定機(jī)制

混池規(guī)模多少合適？

對(duì)于數(shù)量性狀定位的混池，通常建議混池規(guī)模為群體大小的5%-10%。不同的測(cè)序策略，混池規(guī)模會(huì)有略微的差別，重測(cè)序BSA及轉(zhuǎn)錄組BSA最低要求30個(gè)以上，SLAF-BSA最低要求50個(gè)以上。文獻(xiàn)報(bào)道（300樣/池&160樣/池相比）混池規(guī)模越大，定位的效果會(huì)越好。

混池的測(cè)序深度推薦？

常測(cè)序數(shù)據(jù)量越大，標(biāo)記的準(zhǔn)確性會(huì)越高，但成本也會(huì)越高，綜合考慮，在這里我們給大家提供BSA項(xiàng)目的最低數(shù)據(jù)量。對(duì)于SLAF-BSA，通常我們建議子代混池至少達(dá)到每個(gè)個(gè)體1×的數(shù)據(jù)量，比如混池規(guī)模為30+30，那么每個(gè)混池測(cè)至少30×；對(duì)于重測(cè)序BSA，混池規(guī)模在50以下，子代1×的數(shù)據(jù)是可以的，但是像基因組比較大的物種（如玉米），若混池規(guī)模為100+100這樣的情況，每個(gè)混池測(cè)50×也是沒(méi)有問(wèn)題的。

BSA能不能做由Indel、結(jié)構(gòu)變異（轉(zhuǎn)座子滑變）、導(dǎo)入系片段所引起的性狀差異的定位？

能做。現(xiàn)在我們的BSA關(guān)聯(lián)分析是基于SNP，因?yàn)镾NP在基因組上的密度要遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于Indel以及結(jié)構(gòu)變異，這會(huì)使我們定位更加精細(xì)。如果某一個(gè)性狀是由Indel、結(jié)構(gòu)變異、導(dǎo)入系所引起的，那么它通常是與某些SNP連鎖發(fā)生的，通過(guò)SNP我們會(huì)找到候選區(qū)域，再在候選區(qū)域內(nèi)尋找這些Indel或結(jié)構(gòu)變異或?qū)胂?，?lái)尋求決定該性狀的Indel或結(jié)構(gòu)變異或?qū)胂怠?/p>

BSA沒(méi)有親本可不可以做？

可以，對(duì)于沒(méi)有親本的混池，我們會(huì)采取ED的方法進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。

有親本和沒(méi)有親本，對(duì)定位效果有影響嗎？

有影響。從關(guān)聯(lián)分析的方法上，有親本的BSA我們會(huì)有兩種關(guān)聯(lián)分析方法，SNP-Index和ED，最后的定位結(jié)果是兩種方法的交集，無(wú)親本的只能用ED的方法進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。有親本的作用是排除親本非多態(tài)性標(biāo)記對(duì)定位的影響，舉例說(shuō)明一下，有一個(gè)標(biāo)記在混池間是有多態(tài)性的，但在親本上是沒(méi)有多態(tài)性，如果有親本，我們的定位結(jié)果是不會(huì)有這樣的標(biāo)記，但是沒(méi)有親本，定位結(jié)果中就會(huì)有這樣的標(biāo)記，定位的區(qū)域會(huì)變大，假陽(yáng)性較多。

老師群體有兩個(gè)，但每個(gè)個(gè)體都不多，能不能把兩個(gè)群體混合做?

不可以，兩個(gè)不同群體所采用的閾值沒(méi)法計(jì)算。

SLAF-BSA定位區(qū)域，想在精細(xì)一點(diǎn)怎么做？

推薦至少做兩個(gè)親本的重測(cè)序，這樣我們會(huì)提供定位區(qū)域內(nèi)非同義突變基因的信息，進(jìn)一步縮小候選區(qū)域的范圍，相當(dāng)于在SLAF-BSA的基礎(chǔ)上精細(xì)點(diǎn)，如果老師經(jīng)費(fèi)允許的話，群體也做重測(cè)序效果肯定是更好的，群體的SNP信息要遠(yuǎn)高于SLAF的，定位也會(huì)相應(yīng)變精細(xì)點(diǎn)。

無(wú)參做SLAF－BSA和BSR區(qū)別？

沒(méi)有參考基因組的話，通過(guò)SLAF我們只能關(guān)聯(lián)到一些標(biāo)簽，對(duì)于老師后期的數(shù)據(jù)利用并不是特比好，而通過(guò)轉(zhuǎn)錄組可以進(jìn)行Uningene的組裝，進(jìn)而通過(guò)關(guān)聯(lián)分析獲得候選區(qū)域內(nèi)的Uningene信息并進(jìn)行功能注釋，對(duì)于老師后期數(shù)據(jù)利用還是比較好的。

Mutmap定位的適用條件？

化學(xué)誘變或者是物理誘變引起的點(diǎn)突變；野生型親本重測(cè)序+突變型子代混池測(cè)序；有參考基因組；任何發(fā)生性狀分離的家系群體。