轉(zhuǎn)錄組代謝組聯(lián)合分析

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轉(zhuǎn)錄組代謝組聯(lián)合分析一、轉(zhuǎn)錄組云平臺(tái)個(gè)性化可視化交互

整體層面分析樣本間/組間差異：PCA分析、相關(guān)性分析、WGCNA分析、聚類熱圖等

差異層面分析比較組差異基因：

1、差異基因篩選: 差異火山圖，聚類熱圖、韋恩圖、WGCNA、共表達(dá)趨勢(shì)（K-Means）；

2、差異功能基因挖掘：差異基因功能注釋和富集分析（COG、GO、KEGG等）、GSEA（有生物意義，無(wú)顯著性）、蛋白互作、轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)

此外，百邁客提供個(gè)性化可視化交互—50+個(gè)性化功能+圖片交互（字體及配色調(diào)整、布局變換、數(shù)據(jù)篩選等），數(shù)據(jù)挖掘一網(wǎng)打盡；一站式科研服務(wù)—操作簡(jiǎn)單，85%可視化交互覆蓋率，分析不限時(shí)不限次；光速周期—常規(guī)分析1min，分析結(jié)果極速可得！

轉(zhuǎn)錄組代謝組聯(lián)合分析二、代謝組云平臺(tái)個(gè)性化全面覆蓋

整體層面分析樣本間/組間差異：PCA分析、相關(guān)性分析、OPLS-DA分析、WGCNA分析、Kmeans聚類分析（代謝物）等

差異層面分析比較組差異代謝物：

1、差異代謝物篩選:差異火山圖，聚類熱圖、韋恩圖；

2、差異代謝物功能挖掘：差異代謝物能注釋和富集分析（COG、KEGG）、富集弦圖、ipath；

轉(zhuǎn)錄組代謝組聯(lián)合分析三、代謝組云平臺(tái)—多種聯(lián)合分析任你搭配

整體層面分析轉(zhuǎn)錄組與代謝組數(shù)據(jù)的相關(guān)性：PCA分析、O2PLS分析、WGCNA

差異層面獲得共表達(dá)的差異基因和差異代謝物：

1、差異基因和差異代謝物KEGG通路分析：KEGG通路比較分析（韋恩圖，富集）、KEGG通路可視化、Ipath 整合分析

2、、轉(zhuǎn)錄組和代謝組相關(guān)性分析：九象限圖、相關(guān)性熱圖和玄圖、相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)熱圖、相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖、典型相關(guān)分析（CCA）。

轉(zhuǎn)錄組代謝組聯(lián)合分析案例分享

研究方案

材料：采集來(lái)自云南大理市(Y_DTN)、云南麗江市(Y_LTN)、云南建水縣(Y_JTN)、云南曲靖市(Y_QTN)、四川會(huì)理市(S_DHT)和攀枝花市(S_PTN)以及河南滎陽(yáng)市(H_HYT)共7個(gè)不同產(chǎn)區(qū)的石榴果肉樣品。

方法：RNA-seq；非靶代謝組；生理指標(biāo)測(cè)定：pH值、可滴定酸度（TA）、總可溶性固體（TSS）和TSS/TA值

研究?jī)?nèi)容

1、生理指標(biāo)+代謝組學(xué)分析：

7個(gè)產(chǎn)區(qū)突尼斯軟籽石榴揮發(fā)性化合物的熱圖：風(fēng)味譜、糖、有機(jī)酸和維生素c含量存在顯著差異。所有石榴花粒中共鑒定出40種揮發(fā)性化合物，其中醇、醛、酸和二戊烯是影響石榴香氣品質(zhì)主要因素。

2、轉(zhuǎn)錄組分析：

WGCNA分析：1808基因（生物合成相關(guān)基因），1640個(gè)基因被分為11個(gè)不同的模塊，紅色、黃色、綠松石、藍(lán)色、品紅、綠色模塊與大多數(shù)揮發(fā)性化合物呈較高的正相關(guān)關(guān)系（CC > 0.5），表明這些模塊中的基因主要與所有石榴粥樣品中風(fēng)味化合物的產(chǎn)生有關(guān)。

GO和KEGG富集；1808基因主要富集于分子功能的“裂解酶活性”，細(xì)胞成分的“葉綠體基質(zhì)”，生物過(guò)程的“小分子生物合成過(guò)程”。鑒定了40條顯著富集的KEGG途徑，其中碳代謝生物合成的DGE數(shù)量最多。與其他次生代謝產(chǎn)物相關(guān)的途徑也被富集，包括淀粉和蔗糖代謝、糖酵解/糖異生等，這些富集的基因大部分屬于黃色、綠松石色和藍(lán)色模塊。這也表明，這些模塊中的基因的功能與KEGG富集分析相一致，而KEGG富集分析主要與初級(jí)和次生代謝產(chǎn)物的合成和代謝有關(guān)。

基因相關(guān)網(wǎng)絡(luò)：三個(gè)模塊與揮發(fā)性化合物的合成具有高度的相關(guān)性，但三個(gè)模塊中的基因表現(xiàn)出不同的組成和表達(dá)模式，說(shuō)明不同模塊中的基因在揮發(fā)性化合物的合成中可能發(fā)揮不同的功能。

3、轉(zhuǎn)錄組+代謝組聯(lián)合：

相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖：己酸和1-己醇是石榴果實(shí)中的關(guān)鍵揮發(fā)性化合物，分別與38個(gè)和31個(gè)DEGs顯著相關(guān)，例如Para-α-二甲基苯乙烯、2-非丙酮、肉豆蔻酸、苯乙烯和乙酸與不少于5個(gè)DGE具有顯著的高相關(guān)性。結(jié)果表明，植物的次級(jí)代謝途徑不僅僅是相應(yīng)途徑中酶與底物反應(yīng)的結(jié)果，還受到其他途徑中基因編碼蛋白與代謝物相互作用的影響。

 

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