?圖1 空間轉(zhuǎn)錄組已發(fā)表參考文獻(xiàn) (data from PubMed &?10x genomics)
百邁客空間轉(zhuǎn)錄項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)
表1?百邁客項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)一覽表

百邁客空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)例數(shù)據(jù)
圖2.?百邁客空間轉(zhuǎn)錄組部分動(dòng)物冷凍組織切片HE染色
圖3.?百邁客空間轉(zhuǎn)錄組部分植物冷凍組織切片甲苯胺藍(lán)染色
植物的組織透化和基因檢出率可達(dá)到動(dòng)物的水準(zhǔn),并且數(shù)據(jù)分析結(jié)果可以與組織形態(tài)保持一致,基本上植物植物空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)難點(diǎn)和突破點(diǎn),百邁客已經(jīng)一一攻克這些難點(diǎn),完成植物在空間實(shí)現(xiàn)了高通量測(cè)序和數(shù)據(jù)分析。
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)已經(jīng)在動(dòng)植物中都得廣泛應(yīng)用,主要在圍繞疾病空間異質(zhì)性、時(shí)空?qǐng)D譜、生長(zhǎng)發(fā)育、物種進(jìn)化、抗逆應(yīng)激幾個(gè)方面。那如何快速實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用,在這里我們給老師提供了部分案例,幫助老師快速登上空間轉(zhuǎn)錄組的“高鐵”。
空間轉(zhuǎn)錄組在動(dòng)植物中的應(yīng)用
(1)疾病空間異質(zhì)性,Cell 2020

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圖4.?皮膚鱗狀細(xì)胞癌(cSCC)時(shí)空特異性
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(2)時(shí)空?qǐng)D譜,Sci. Adv. 2020
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通過(guò)使用全腦空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)基于對(duì)空間定義特征的無(wú)偏識(shí)別來(lái)生成成年小鼠大腦的系統(tǒng)分類。研究發(fā)現(xiàn)分子信息足以推斷大腦的復(fù)雜而詳細(xì)的神經(jīng)解剖組織結(jié)構(gòu)。無(wú)監(jiān)督分類顯示了特定于區(qū)域和層的子區(qū)域,在等皮層和海馬體以及紋狀體的新亞區(qū)。分子圖譜進(jìn)一步支持了從單細(xì)胞RNA圖譜中表征神經(jīng)元的空間特性,并提供了使用最小基因集(大腦調(diào)色板)為大腦添加注釋的資源??傊?,本研究建立了一個(gè)分子圖譜來(lái)正式定義大腦區(qū)域的空間組織,包括用于映射和靶向離散神經(jīng)解剖結(jié)構(gòu)域的分子代碼,通過(guò)空間維度直觀詮釋了大腦組織不同空間區(qū)域特征,為剖析大腦組織提供了全面的時(shí)空?qǐng)D譜。
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圖5.?小鼠大腦時(shí)空?qǐng)D譜
(3)生長(zhǎng)發(fā)育,?Cell 2020, Cell 2021, NC 2021
細(xì)胞在空間位置的異質(zhì)性,對(duì)于干細(xì)胞分化、組織發(fā)育和再生起著重要作用,空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)已經(jīng)在人的胚胎心臟、胚胎腸道和雞的胚胎心臟發(fā)育中得到應(yīng)用,探明了胚胎發(fā)育的動(dòng)態(tài)過(guò)程,空間組學(xué)發(fā)展可以清晰的描繪胚胎發(fā)育的藍(lán)圖。
圖6.?空間轉(zhuǎn)錄組揭示胚胎生長(zhǎng)發(fā)育藍(lán)圖
(4)物種進(jìn)化?詳情可以了解百邁客新品-植物空間轉(zhuǎn)錄組挑戰(zhàn)與機(jī)遇
圖7.?空間轉(zhuǎn)錄組在物種進(jìn)化上的應(yīng)用
圖8.?空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合單細(xì)胞多組學(xué)參考文獻(xiàn)
百邁客空間轉(zhuǎn)錄組優(yōu)勢(shì)
多物種:人、鼠、哺乳動(dòng)物、植物等多物種均可開(kāi)展空間轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)服務(wù)
多樣本類型:冷凍組織、FFPE組織多種組織類型都可以實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
設(shè)備全:擁有冷凍切片機(jī)、石蠟切片機(jī)、多系統(tǒng)熒光顯微鏡,可滿足多樣本空間轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序,一次性多通道、多樣本,實(shí)現(xiàn)高效空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)
經(jīng)驗(yàn)豐富:國(guó)內(nèi)首批引進(jìn)10x visium?空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái),目前累計(jì)成功制備50余種組織類型、1000+例的空間轉(zhuǎn)錄組樣本
強(qiáng)大生信分析:可提供基本分析和高階分析,滿足個(gè)性化調(diào)整
全套服務(wù):組織樣本切片、固定、透化、建庫(kù)、測(cè)序、數(shù)據(jù)分析全套服務(wù)
單細(xì)胞和空間云分析平臺(tái):百邁客云平臺(tái)已經(jīng)研發(fā)快速高效的云平臺(tái),可高效呈現(xiàn)高質(zhì)量文章圖表和對(duì)大數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘;
空間轉(zhuǎn)錄組&單細(xì)胞聯(lián)合分析:空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)聯(lián)合分析,可近似實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞分辨率空間轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)特征,交互式分析。
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