每個人的衣櫥的里面都會有一件白色的T恤，因為百搭。其實(shí)測序界也有一件白色的T恤，小伙伴們你們猜出來了嗎？沒錯，它就是轉(zhuǎn)錄組。轉(zhuǎn)錄組是一款比較基礎(chǔ)的測序產(chǎn)品，他可以和不同的組學(xué)進(jìn)行搭配，或是用于找關(guān)鍵的biomarker，或是用于協(xié)助解析分子機(jī)制。
今天小編就帶著大家看一篇關(guān)于的轉(zhuǎn)錄組、RNA甲基化、蛋白組聯(lián)合的文章。這篇文章中RNA甲基化是采用的MeRIP-seq二代的技術(shù)，操作相對比較復(fù)雜，現(xiàn)在已經(jīng)可以升級做ONT RNA甲基化，值得一提的是這篇文章的整體思路是可以借鑒的。
文獻(xiàn)名：m6A modification suppresses ocular melanoma through modulating HINT2?mRNA translation
期刊：Molecular Cancer（IF:15.302）
文章思路快速get ：
文章中通過RNA甲基化試劑盒的檢測發(fā)現(xiàn)在黑素瘤樣本中m6A甲基化水平降低，為了進(jìn)一步研究m6A甲基化在腫瘤樣本中的調(diào)控機(jī)制。采用RNA-seq、MeRIP-seq等技術(shù)找到關(guān)鍵的基因HINT2，隨后在細(xì)胞系中進(jìn)行敲除實(shí)驗，檢測細(xì)胞侵襲、凋亡等情況；同時進(jìn)行RIP-qPCR、RNA-pull down以及雙熒光素酶實(shí)驗等實(shí)驗，揭示了m6A甲基化修飾在眼部黑色素瘤腫瘤中調(diào)控中的機(jī)制，為后續(xù)研究以及藥物治療提供了新的見解。? ??
研究背景
惡性黑素瘤( malignant melanoma，MM) 的發(fā)生率在常見腫瘤中排第 4 位，分別占男性和女性癌癥病例的 6.4%和 4.1%。約 91%的 MM 發(fā)生在皮膚上，皮膚黑素瘤( cutaneous malignant melanoma，CMM) 是最具攻擊性和致命性的皮膚腫瘤。ＲNA 甲基化是近年來的研究熱點(diǎn)，目前發(fā)現(xiàn)其參與了多種腫瘤的發(fā)生發(fā)展過程，與免疫治療耐受的發(fā)生密切相關(guān)，其在黑素瘤中的研究也逐漸引起關(guān)注。
技術(shù)平臺
RNA-seq、MeRIP-seq、Label-free MS
研究結(jié)果
1.?黑素瘤樣本中m6A甲基化水平降低
Fig1 m6A水平降低與眼部黑色素瘤預(yù)后不良有關(guān)
為了研究m6A甲基化在眼惡性黑色素瘤中的功能作用，研究者用甲基化試劑盒先對腫瘤樣本和正常樣本做甲基化整體水平檢測，發(fā)現(xiàn)在腫瘤樣本中RNA甲基化的水平明顯降低（Fig. 1a）。同時通過免疫熒光實(shí)驗和含量檢測，發(fā)現(xiàn)甲基化轉(zhuǎn)移酶METTL3相對于正常的樣本來說，有明顯的降低；而去甲基化酶（eraser）ALKBH5在則明顯高于正常組織樣本（Fig. 1b-1c）。Kaplan-Meier分析顯示METTL3低表達(dá)會增強(qiáng)腫瘤早期復(fù)發(fā)和細(xì)胞侵襲，而高表達(dá)ALKBH5則顯示預(yù)后不良。除此之外，黑色素瘤腫瘤細(xì)胞系結(jié)果也與組織樣本中的結(jié)果一致。這些數(shù)據(jù)表明，不管是組織樣本還是細(xì)胞系樣本中，黑色瘤素樣本中可以通過低表達(dá)METTL3或者高表達(dá)ALKBH5來降低m6A修飾。
為了進(jìn)一步說明上述結(jié)論的準(zhǔn)確性，研究者在細(xì)胞系做分別對METTL3、ALKBH5進(jìn)行敲除實(shí)驗。發(fā)現(xiàn)沉默METTL3后，正常黑素細(xì)胞形成較大的集落，細(xì)胞分裂加快，凋亡減少；沉默ALKBH5，m6A甲基化顯著增加，細(xì)胞分裂減少，凋亡增加。同時轉(zhuǎn)錄組RNAseq和GSEA分析都進(jìn)一步證明在高m6A修飾的細(xì)胞系中抗腫瘤明顯，并且ALKBH5是主要靶基因簇。
2.?甲基化測序和轉(zhuǎn)錄組測序?qū)ふ襪6A介導(dǎo)的潛在靶點(diǎn)
隨后對正常細(xì)胞系和腫瘤細(xì)胞系進(jìn)行MeRIP-seq和miCLIP-seq進(jìn)行甲基化檢測。從正常細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞生成的miclipo -seq文庫中，平均鑒定出13,083和11,750個m6A峰。實(shí)驗結(jié)果表明，m6A修飾在腫瘤細(xì)胞中廣泛重復(fù)，而正常細(xì)胞中有更多的基因只有一個m6A位點(diǎn)。同時鑒定到有5828個m6A顯著改變的基因。GO 注釋結(jié)果顯示這些基因主要富集在細(xì)胞增殖和細(xì)胞死亡。KEGG通路分析顯示在HIF-1 和 p53通路有明顯富集。并且正常細(xì)胞中含有m6A修飾的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量比腫瘤細(xì)胞高出5倍以上(Fig2a)，而這些轉(zhuǎn)錄本主要參與細(xì)胞增殖和腫瘤發(fā)生相關(guān)的幾種信號通路(Fig2b)。這些現(xiàn)象都表明m6A在腫瘤發(fā)生過程中有著重要的調(diào)控作用。
為了系統(tǒng)地闡明眼黑色素瘤中m6A修飾減少導(dǎo)致的基因表達(dá)變化，研究者結(jié)合轉(zhuǎn)錄組、蛋白定量的數(shù)據(jù)找到了237個相關(guān)的基因(Fig2c)。正如預(yù)期的那樣，這些基因存在m6A修飾，且基因mRNA表達(dá)和蛋白表達(dá)不一致，說明m6A修飾可能影響轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。找到的這些基因主要還是集中細(xì)胞周期、細(xì)胞粘附和蛋白過程(Fig2d)。其中HINT2是在正常細(xì)胞中蛋白表達(dá)和m6A富集最顯著的基因之一，因此研究這選擇它作為典型例子來分析m6A修飾在腫瘤發(fā)生過程中作為翻譯調(diào)節(jié)因子的機(jī)制(Fig2e)。在miCLIP-seq數(shù)據(jù)中，發(fā)現(xiàn)3’UTR上的HINT2 mRNA中有一個具有統(tǒng)計學(xué)意義的m6A峰，在正常細(xì)胞中富集明顯(Fig2f)。為了驗證該結(jié)論的準(zhǔn)確性，作者通過RIP-qPCR、Western blotting和qPCR驗證了HINT2 mRNA上m6A修飾減少，HINT2蛋白表達(dá)下調(diào)，而mRNA水平無顯著變化。
Fig2 轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)識別調(diào)控腫瘤發(fā)生的m6A靶點(diǎn)
3.?HINT2依賴于m6A抑制眼部黑色素瘤
在眼黑色素瘤細(xì)胞中，在mRNA水平和蛋白水平均過表達(dá)HINT2。發(fā)現(xiàn)過表達(dá)HINT2后，眼黑色素瘤細(xì)胞的細(xì)胞增殖、細(xì)胞遷移、和克隆形成明顯受到抑制，細(xì)胞凋亡增加。此外，GSEA顯示在腫瘤細(xì)胞中HINT2促進(jìn)凋亡和細(xì)胞死亡(Fig3a)。為了確定HINT2在體內(nèi)腫瘤特征中的作用，過表達(dá)HINT2的眼黑色素瘤細(xì)胞進(jìn)行了皮下移植。結(jié)果顯示：相對于對照組(Fig3b, A組)來說，實(shí)驗組HINT2過表達(dá)組(Fig3b, B組)腫瘤體積持續(xù)降低。為了研究這些蛋白表達(dá)的變化是否在樣本中發(fā)生，在眼黑色素瘤和正常組織中進(jìn)行IF實(shí)驗(Fig3c)，發(fā)現(xiàn)HINT2確實(shí)在腫瘤樣本中下調(diào)。除此之外，在眼黑色素瘤組織樣本中，低表達(dá)的HINT2與不良預(yù)后高度相關(guān)(Fig3e)。
由于HINT2在眼黑色素瘤中抑制細(xì)胞生長和遷移，并且與正常細(xì)胞相比，腫瘤中m6A甲基化減少，推測m6A修飾降低會上調(diào)HINT2表達(dá)從而抑制腫瘤生長。通過對的MeRIP的RNA片段進(jìn)一步檢測發(fā)現(xiàn)HINT2 mRNA的 3’UTR上m6A峰被METTL3特異性甲基化，和ALKBH5去甲基化。除此之外，HINT2蛋白的表達(dá)水平遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于mRNA的表達(dá)水平。隨后在腫瘤細(xì)胞系構(gòu)建敲除HINT2細(xì)胞系，結(jié)果都表明m6A引導(dǎo)的腫瘤抑制作用部分來源于HINT2的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。
Fig3?HINT2在眼黑色素瘤細(xì)胞中起抑癌基因的作用
4.?m6A修飾促進(jìn)了HINT2翻譯
??????????因為m6A甲基化似乎促進(jìn)了HINT2的翻譯，作者假設(shè)HINT2轉(zhuǎn)錄本是YTH家族的靶點(diǎn)，YTH家族是m6A解讀器，調(diào)控m6A修飾的轉(zhuǎn)錄本的翻譯。RIP-qPCR分析顯示，HINT2 mRNA與YTHDF1的相互作用強(qiáng)于其他 mRNA(Fig4a)。此外，RNA-pull down實(shí)驗進(jìn)一步證實(shí)YTHDF1與HINT2 mRNA相互作用，HINT2的m6A修飾極大地促進(jìn)了其與YTHDF1的結(jié)合(Fig4b, c)。YTHDF1表達(dá)下調(diào)(Fig4d line 1)降低了HINT2 蛋白的表達(dá)(Fig4d line2)，而YTHDF1過表達(dá)(Fig4e, f line 1)增加了HINT2蛋白的表達(dá)(Fig4e- f line2)。這些HINT2表達(dá)的變化不是由于HINT2 轉(zhuǎn)錄本豐度的變化(Fig4d-f)；而是mRNA翻譯的調(diào)控依賴于轉(zhuǎn)錄本的甲基化。同時HINT2 3’UTR (WT)或m6A位點(diǎn)突變(MT)序列構(gòu)建雙熒光素酶載體，雙熒光素酶實(shí)驗也顯示，ALKBH5顯著降低了報告基因的熒光素酶活性，(Fig4g)。具體來說，通過m6A修飾，HINT2轉(zhuǎn)錄本與積極轉(zhuǎn)錄核糖體的關(guān)聯(lián)得到了改善(Fig4h)。綜上所述，當(dāng)YTHDF1識別HINT2時，m6A修飾對其翻譯有影響。
Fig3 YTHDF1 促進(jìn) HINT2翻譯
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