二代轉(zhuǎn)錄組測序已經(jīng)如火如荼的開展了近十幾年，關(guān)于mRNA研究的文章也呈爆發(fā)式的發(fā)展，但是最近幾年單純的mRNA檢測似乎不再那么吃香了。我們來看一組數(shù)據(jù)，下圖是Pubmed數(shù)據(jù)庫中檢索mRNA得到的相關(guān)的文獻(xiàn)信息，數(shù)據(jù)顯示2015年時普通mRNA文獻(xiàn)已經(jīng)達(dá)到峰值，隨后關(guān)于mRNA的文章開始有下滑的趨勢。
那么問題來了，還有什么技術(shù)可以達(dá)到科研目的，又不顯得那么過時呢？不著急，全轉(zhuǎn)錄組測序來助你！全轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在特定狀態(tài)下所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的總和，包括mRNA和各種noncoding RNA。機(jī)體內(nèi)除了mRNA轉(zhuǎn)錄翻譯成蛋白質(zhì)行使功能以外，noncoding RNA在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中占有重要的作用。像近幾年來比較火熱的競爭性內(nèi)源RNA(ceRNA)調(diào)控機(jī)制也屬于全轉(zhuǎn)錄組研究的范疇內(nèi)。那不多說，直接上文獻(xiàn)，有文獻(xiàn)有真相。
研究內(nèi)容
本文先是對HBV相關(guān)肝纖維化（n = 10）患者和健康對照組（n = 8）進(jìn)行血漿小RNA測序，根據(jù)差異基因和研究背景鎖定目標(biāo)研究對象“miR-185-5p”。qPCR和WB檢測miR-185、以及肝纖維化特征基因RNA和蛋白表達(dá)水平。隨后通過細(xì)胞學(xué)實驗、體外實驗、小鼠模型實驗等，發(fā)現(xiàn)miR-185通過靶向RHEB和RICTOR抑制HSC的活化，并且觀察到的纖維化與miR-185表達(dá)之間的負(fù)相關(guān)關(guān)系，可用于評估纖維化的嚴(yán)重程度。為了進(jìn)一步研究是否可以將miR-185鑒定為疾病進(jìn)展的候選預(yù)測指標(biāo)，需要具有可比臨床病理特征和完整隨訪數(shù)據(jù)的更大隊列研究。
研究內(nèi)容
在本研究中，為了評估circRNA在人體內(nèi)的作用，作者采用了高通量測序方法，測定TLE患者和非TLE患者顳葉新皮質(zhì)中circRNA表達(dá)水平，并對環(huán)狀RNA的功能進(jìn)行注釋。同時對circRNA表達(dá)譜進(jìn)行了全面的分析，確定了癲癇患者的8個circRNA。其中顯著差異表達(dá)的circ-EFCAB2和circ-DROSHA可能是通過調(diào)節(jié)來源基于EFCAB2和DROSHA參與TLE，也可能作為miRNA的海綿影響靶基因的表達(dá)，參與TLE的發(fā)病機(jī)制。描述了一個包含潛在基因與circRNA-miRNA的網(wǎng)絡(luò)。
（文章解讀Link：https://mp.weixin.qq.com/s/K1gB95msNBjaj5_3zRY7tA）
發(fā)表雜志：J. Cell. Mol. Med.?2019
影響因子：4.658
合作單位：復(fù)旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院
研究內(nèi)容
作者研究長鏈非編碼RNA (lncRNAs) 在肺癌中的作用。作者使用微陣列來研究P53敲除和KRAS-G12D突變小鼠肺腺癌中異常表達(dá)的lncRNAs。結(jié)果表明，shRNAs敲除NONMMUT015812可降低KP細(xì)胞的增殖和遷移能力。在小鼠肺腺癌中異常表達(dá)的lncRNAs中，NONMMUT015812是一個潛在的致癌基因。
好啦，今天文獻(xiàn)就說到這里。上述文獻(xiàn)是不是有種似曾相識的感覺，10年前，轉(zhuǎn)錄組按照“測序-找差異-功能描述”這套思路也可以發(fā)個比較好的文章，這幾年卻不能了。但是現(xiàn)在全轉(zhuǎn)錄正在開啟這種模式，你有沒有g(shù)et到！
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