戰(zhàn)疫情，強化分析功能的“2019-nCoV基因組數(shù)據(jù)分析綜合平臺”第二期上線

抗擊疫情我們在行動

疫情猛于虎，疫情就是命令，時間就是生命，隨著全國抗擊新型冠狀病毒肺炎的戰(zhàn)役打響，百邁客研發(fā)人員自疫情爆發(fā)以來，主動放棄休息，默默工作，日夜奮戰(zhàn)，爭分奪秒，盡全力開發(fā)病毒分析平臺，為全國一線疫情防控提供強有力的技術(shù)支持。

2020年1月27日，百邁客首版“新型冠狀病毒基因組數(shù)據(jù)分析綜合平臺”免費向科研人員開放，上線后，來自全國18個高校和研究單位的訪問量己達(dá)到2042次。其中包含同濟(jì)大學(xué)醫(yī)學(xué)院、哈爾濱醫(yī)科大學(xué)、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)、武漢大學(xué)、包頭醫(yī)學(xué)院等等，不少專家學(xué)者對百邁客所做的努力給以了肯定，也提出了非常多的改進(jìn)意見與使用需求。
近一周來，通過研發(fā)人員加班加點的不懈努力，于2020年2月3日正式上線第二期“新型冠狀病毒(nCoV)基因組數(shù)據(jù)分析綜合平臺”。本期相較于第一期，平臺在多個方面完成優(yōu)化，以更好的提高對病毒數(shù)據(jù)的深入解讀：

01、不斷豐富病毒數(shù)據(jù)庫：

研發(fā)人員不斷跟進(jìn)，并實時更新毒株測序信息。目前，病毒數(shù)據(jù)庫中部署的病毒毒株的基因組信息已增加至37個，具體包括：
1、來源于GISAID的26例新型冠狀病毒的基因組序列信息；
2、來源于NCBI的MN938384、MN908947、MN975262等3個毒株的序列信息；
3. 來源于NCBI的SARS毒株（AY274119.3）的序列信息和MERS毒株（KC164505.2、JX869059.2）等3個毒株序列信息；
4. 來源于NGDC的GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000等5個毒株的序列信息；
其中MN938384、MN908947、MN975262、GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000?毒株具有全套的基因組注釋信息，用戶可以通過Browse的Gene Search模塊根據(jù)特定基因ID、或者特定基因組位置完成特定毒株中基因信息序列 及 基因結(jié)構(gòu)的檢索。

02、增加更多自動化分析工具

平臺第一期已完成Blast（序列比對）、Gbrowse（基因組瀏覽器）、Primer Design（引物設(shè)計）、MEGA（進(jìn)化樹，了解毒株的進(jìn)化起源）、Muscle（全局多序列比對）、MCMCTREE（分化時間估算）、MultipleCompare（蛋白多序列比對）等工具的部署。
第二期在繼續(xù)修復(fù)、優(yōu)化第一期工具的同時，又增加了bowtie2（將短序列比對至大基因組的工具)、bwa（短序列比對）等工具。其中，bowtie2具有速度快、節(jié)省內(nèi)存，比對算法相對嚴(yán)格等特點，科研人員可用此工具實現(xiàn)快速比對，尤其是測序毒株與參考基因組毒株的差異性比較小時，一般選擇此工具。bwa比對算法相對寬松，科研人員可用此工具快速的將相對較小的片段比對到參考序列上，尤其是當(dāng)測序毒株與參考基因組毒株的差異性比較大時，一般可選擇此工具。

03、更好實現(xiàn)了數(shù)據(jù)庫與工具的組合使用

科研人員可使用平臺數(shù)據(jù)庫，通過工具模塊完成一定的數(shù)據(jù)挖掘、分析。如通過我們部署的MEGA工具，即可以便捷使用數(shù)據(jù)庫中已部署的37個毒株的參考基因組序列，而且用戶可結(jié)合自己存儲的私有毒株基因組序列，構(gòu)建病毒毒株的進(jìn)化樹，了解新型冠狀病毒的進(jìn)化樹起源。
我們將持續(xù)跟進(jìn)、并更新平臺數(shù)據(jù)庫，在為國內(nèi)外科研工作者提供方便快捷的數(shù)據(jù)檢索及下載服務(wù)的同時，在隨后的三期、四期研究計劃中，我們會繼續(xù)部署更多的自動化分析工具，分析保守域、毒株間的變異信息，尋找毒株間的共性的突變信息，為病毒致病機理的研究、疫苗的開發(fā)等提供技術(shù)支持。
備注：針對Muscle、MCMCTREE、MultipleCompare工具，為了提高更大的分析資源，請登錄百邁客云平臺進(jìn)行分析（https://international.biocloud.net/zh/user/login），我們已經(jīng)為您申請了工具的賬號：2019ncov@biomarker.com.cn 密碼: 123.bmk，請登錄云平臺進(jìn)行使用。

04、綜合數(shù)據(jù)平臺的后期規(guī)劃

1、數(shù)據(jù)庫中將不斷實時更新、增添新測序冠狀病毒毒株的基因組序列；
2、繼續(xù)部署更多款方便快捷的自動化分析工具，為科研提供重要的數(shù)據(jù)支撐。如，后期我們會部署“病毒基因組的組裝”、“毒株全序列之間的SNP/INDEL”、“測序數(shù)據(jù)與ref尋找SNP/INDEL”等等多個工具模塊，用于了解冠狀病毒的來源，了解病毒毒株變異的路徑，從而為后期防控冠狀病毒引起的疫情，和治療新型冠狀病毒肺炎提供重要的數(shù)據(jù)支撐。
3、病毒數(shù)據(jù)庫第二期中會時時更新“新型冠狀病毒”的研究相關(guān)的文獻(xiàn)，便于用戶了解目前新型冠狀病毒的研究進(jìn)展。
4、同步整合“騰訊醫(yī)典”，和 “騰訊健康”中的新型冠狀病毒的科普知識，幫助用戶了解疫情的發(fā)展?fàn)顩r及預(yù)防防治等相關(guān)內(nèi)容。為用戶掌握科研進(jìn)展、了解新聞動態(tài)與科學(xué)知識提供資源與窗口。
總之：我們將不斷整合新的病毒毒株序列信息，致力于打造成一個數(shù)據(jù)最全面、分析功能最強大的病毒綜合性數(shù)據(jù)庫平臺。

24小時對接聯(lián)系人

1、數(shù)據(jù)庫使用&數(shù)據(jù)分析對接人：

負(fù)責(zé)人：王老師
手機：18514282648（同微信）
郵箱：wangf@biomarker.com.cn

2、樣品準(zhǔn)備&測序?qū)尤耍?br /> 負(fù)責(zé)人：康老師
手機：16622926288（同微信）
郵箱：kangjm@biomarker.com.cn

2018年熬過豬價低迷寒冬，2019年躲過非洲豬瘟的肆虐，18-19年都扛過來了，2020年的春天還遠(yuǎn)嗎？不造謠、不信謠、不傳謠，共建和諧清朗的網(wǎng)絡(luò)空間，相信在政府的有序組織下，人民群眾萬眾一心定能有效抗擊疫情，還2020年一個春暖花開的一年開端。

相關(guān)閱讀：