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發(fā)布于 2019年3月19日

新技術(shù)/新思路

Nanopore DNA測(cè)序

當(dāng)前全基因組范圍的5mC研究技術(shù)主要是WGBS、RRBS、芯片、DNA甲基化免疫共沉淀MeDip技術(shù)，當(dāng)前全基因組范圍的6mA的主要研究技術(shù)是PacBio SMRT、MeDip-seq、miClip技術(shù)。而Nanopore三代單分子納米孔測(cè)序可以同時(shí)檢測(cè)全基因組范圍單堿基的5mC和6mA修飾位點(diǎn)，并給出單堿基的甲基化水平！

這套甲基化數(shù)據(jù)不僅能研究DNA甲基化還能研究結(jié)構(gòu)變異?。∷粌H克服了二代技術(shù)的短片段僅能測(cè)到部分?jǐn)帱c(diǎn)的技術(shù)壁壘，還化解了重復(fù)序列變異難以研究的尷尬！

Hi-C & ATAC-seq?

Hi-C是染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)結(jié)合高通量測(cè)序衍生的一種技術(shù)，實(shí)現(xiàn)了全基因組范圍內(nèi)的染色體片段間的相互作用的捕獲，可以揭示染色體片段間的交互作用，闡述染色體三維結(jié)構(gòu)。

ATAC-seq作為在全基因組上處于開放狀態(tài)的染色質(zhì)區(qū)域的技術(shù)，可以進(jìn)一步定位核小體及相關(guān)調(diào)控元件，獲得與特定蛋白（如轉(zhuǎn)錄因子、CTCF）結(jié)合的位點(diǎn)，而TAD邊界、loop上常常會(huì)募集轉(zhuǎn)錄因子、結(jié)構(gòu)蛋白，Hi-C與ATAC-seq兩種技術(shù)聯(lián)合，可以從表觀遺傳網(wǎng)絡(luò)來(lái)闡述疾病發(fā)生發(fā)展的相關(guān)機(jī)制。

全轉(zhuǎn)錄組新內(nèi)容

全轉(zhuǎn)錄組是指細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有類型RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。而我們常說(shuō)的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序則通常是包含lncRNA、circRNA、miRNA以及mRNA的測(cè)序。大家一般都先篩篩每種RNA的差異，對(duì)于基因能直接做個(gè)功能富集分析看看差異基因的功能，對(duì)于非編碼RNA呢就是找到對(duì)應(yīng)的靶基因或來(lái)源基因然后研究這些非編碼RNA的功能。每種RNA單獨(dú)分析后,把所有RNA整合在一起進(jìn)行個(gè)聯(lián)合分析，把各種RNA的結(jié)果整合在一起，做個(gè)ceRNA，共表達(dá)分析之類。

所謂的高級(jí)分析，所謂的定制化內(nèi)容，百邁客都想當(dāng)成常規(guī)分析內(nèi)容，一次性解決您所有可能的問(wèn)題！同時(shí)在微信公眾號(hào)中細(xì)述分析原理以及能解決的生物學(xué)問(wèn)題，讓您知其然，知其所以然！

GSEA

無(wú)需做差異分析，直接拿所有基因的表達(dá)量即可找到實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組有一致性差異的感興趣的通路。

WGCNA

通過(guò)樣品的基因表達(dá)水平，鑒定表達(dá)模式相似的基因集合（即模塊，module），解析模塊與樣品表型之間的聯(lián)系，繪制模塊中基因之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)并鑒定關(guān)鍵調(diào)控基因。

ceRNA分析

競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA(ceRNA)是近幾年來(lái)的研究熱點(diǎn)，是一種全新的轉(zhuǎn)錄調(diào)控模式。這些ceRNA能夠通過(guò)miRNA應(yīng)答元件（microRNA Response Element, MRE）競(jìng)爭(zhēng)性地結(jié)合相同的miRNA來(lái)調(diào)節(jié)彼此的表達(dá)水平。ceRNA假說(shuō)揭示了一種RNA間相互作用的新機(jī)制。ceRNA可以通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)性的結(jié)合miRNA來(lái)調(diào)控彼此的表達(dá)，如：miRNA可以導(dǎo)致基因沉默，而lncRNA競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合了miRNA，從而影響了miRNA導(dǎo)致基因沉默這一功能。這里，mRNA、lncRNA、circRNA等均可作為ceRNA。不做ceRNA的全轉(zhuǎn)錄組那算不得全轉(zhuǎn)錄組！

整合通路分析

分析時(shí)發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)基因或者感興趣的基因富集的通路太多，看通路圖可以獲取每個(gè)通路中基因的調(diào)控關(guān)系，然而這一個(gè)基因在多個(gè)通路中的調(diào)控關(guān)系看起來(lái)太麻煩了！而整合的通路網(wǎng)絡(luò)分析，可以讓您一目了然觀看您感興趣的基因在您感興趣通路中的調(diào)控機(jī)制。