縱觀現(xiàn)如今的科研發(fā)展趨勢(shì)，無(wú)論哪方面的研究都脫離不了分子機(jī)制，其實(shí)歸根結(jié)底就是搞明白信號(hào)通路中上下游的基因是怎么調(diào)控的，受到了哪些因素的影響，其網(wǎng)絡(luò)的復(fù)雜程度和研究的難度，想想都讓人卻步，好在我們站在了巨人的肩膀之上，科學(xué)家及相關(guān)專家已經(jīng)幫我們整理成了交互性信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路示意圖，以便于我們獲取最直接的科研思路。
具體的細(xì)胞信號(hào)通路，可通過(guò)關(guān)注“百邁客醫(yī)學(xué)”公眾號(hào)，回復(fù)“細(xì)胞信號(hào)通路”下載。
信號(hào)通路研究策略
之前，在博客上看到過(guò)一篇信號(hào)通路研究策略的博文，在此分享一下：
以信號(hào)通路為主題的研究，一般來(lái)說(shuō)，按照研究深度可以分為包括：效應(yīng)、通路、分子和序列四個(gè)層面，研究步驟如下：
1、從效應(yīng)出發(fā)（如細(xì)胞凋亡），通過(guò)涵蓋多通路的手段進(jìn)行中等通量的篩選（蛋白或者RNA水平，比如蛋白芯片或者PCR芯片等），以確定參與該效應(yīng)的通路，以及該通路的激活或者抑制狀態(tài)；
2、以某一通路為單位，通過(guò)低通量實(shí)驗(yàn)WB、qPCR等手段，明確通路中的關(guān)鍵分子的變化，比如表達(dá)差異、定位異常、活性變化等；
3、以某一分子為單位，通過(guò)分子共表達(dá)相關(guān)性、分子互作手段（如IP、GST-Pull down等）、分子定位、活性、構(gòu)象等檢測(cè)手段，進(jìn)一步明確分子作用的方式，以及結(jié)合的序列、結(jié)構(gòu)域等。
第一步驟的研究是以效應(yīng)為單位的分解，分解產(chǎn)出是通路。這里說(shuō)的效應(yīng)是比較大的概念，比如既可以是疾病水平，又可以是細(xì)胞水平，比如在確定腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)通路時(shí)，既可以通過(guò)轉(zhuǎn)移、非轉(zhuǎn)移樣本進(jìn)行篩選，又可以通過(guò)不同轉(zhuǎn)移能力的細(xì)胞系進(jìn)行篩選，這時(shí)基本單元是通路，而通路的狀態(tài)又可以分為激活、抑制等。那么如何判斷一條通路是被激活還是被抑制？答案是看通路的下游效應(yīng)分子應(yīng)答表現(xiàn)，比如被上調(diào)、被激活還是重定位等等。
第二步驟的研究是以通路為單位的分解，分解產(chǎn)出是分子。通路與分子類似，既可以看通路被激活、抑制的上游即原因，也可以看通路被激活、抑制的下游即結(jié)果, 不過(guò)很少說(shuō)通路被上下調(diào)。即:我們看到的是一個(gè)黑箱（Black Box），我們知道效應(yīng)改變下某一通路被激活或抑制，而通路涉及太多分子，信號(hào)在通路中逐級(jí)放大。我們可能檢測(cè)到了一些分子在通路中異常，卻不知道哪些分子是信號(hào)接收放大的起點(diǎn)。因此第二步驟的目的是從諸多分子中找到通路中信號(hào)接收的起點(diǎn)。從通路到信號(hào)接收分子的實(shí)驗(yàn)方法一般有：共表達(dá)關(guān)系、直接互作、共定位等。
第三步驟的研究是以分子為單位的分解，分解產(chǎn)出是序列。這一步驟承接第二步，在找到關(guān)鍵分子后，對(duì)分子進(jìn)行分解到結(jié)構(gòu)域和位點(diǎn)，一般做到這個(gè)程度的話就已經(jīng)非常偏基礎(chǔ)了，這也是高分文章通路研究中的不成文規(guī)定。
信號(hào)通路畫圖軟件
不是所有的研究都有現(xiàn)成的細(xì)胞信號(hào)通路圖，假如沒(méi)有，你需要用到下面的2款軟件進(jìn)行自己繪圖：
1、ScienceSlides2005
ScienceSlides 2005是一個(gè)PowerPoint插件，包含1600多個(gè)生物醫(yī)學(xué)相關(guān)對(duì)象，在做PPT文件時(shí)可以直接通過(guò)工具條插入使用這些對(duì)象，從而免去了到處找相關(guān)文件的麻煩，也省了要切換軟件拷貝粘貼的麻煩，提高做PPT的效率。ScienceSlides 2005的對(duì)象和模板涉及Biochemistry、Pharmacology、Methods、Biology、CommonShapes、Molecular、Pathology、Signaling等領(lǐng)域。
2、Portable Pathway Builder Tool V2.0
pathway builder tool簡(jiǎn)單易學(xué)，美觀，自帶幾乎所有分子生物學(xué)會(huì)用到的元素，如不同的細(xì)胞，細(xì)胞器，分子，老鼠模型… 另外，這個(gè)軟件自帶很多經(jīng)典通路，在上面可以直接修改，非常方便，修改完成后可以保存。
軟件下載方式
ScienceSlides2005：關(guān)注“百邁客醫(yī)學(xué)”公眾號(hào)，回復(fù)“ScienceSlides”下載
Portable Pathway Builder Tool V2.0：關(guān)注“百邁客醫(yī)學(xué)”公眾號(hào)，回復(fù)“Pathway Builder”下載
信號(hào)通路研究策略引自小張聊科研的博客：http://blog.sina.com.cn/u/5908556998
細(xì)胞信號(hào)通路收集自Cell Signaling Technology：https://www.cst-c.com.cn/contents/science/cst-pathways/science-pathways
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