真核轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序分析

產(chǎn)品介紹

二代真核轉(zhuǎn)錄組采用Illumina測(cè)序平臺(tái)，對(duì)有參、無(wú)參真核生物特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄的所mRNA進(jìn)行測(cè)序。在定量層面，有參可以對(duì)基因進(jìn)行定量分析，無(wú)參只能對(duì)Unigene（優(yōu)化的轉(zhuǎn)錄本）進(jìn)行定量分析，并進(jìn)行下游的差異基因分析和功能注釋等；在結(jié)構(gòu)層面，有參可進(jìn)行可變剪切、SNP分析、基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化、新基因預(yù)測(cè)。目前已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷、藥物研發(fā)和分子育種等領(lǐng)域。

專業(yè)項(xiàng)目方案設(shè)計(jì) 深度解析數(shù)據(jù)

轉(zhuǎn)錄組可搭配任意其他產(chǎn)品進(jìn)行多組學(xué)的分析，同時(shí)為了沖刺高分可選擇大樣本量方案進(jìn)行設(shè)計(jì)。從選材到后續(xù)研究?jī)?nèi)容相關(guān)信息的挖掘，整個(gè)流程嚴(yán)謹(jǐn)進(jìn)行，全程跟蹤。

• 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

• RNA提取

• 建庫(kù)測(cè)序

• 數(shù)據(jù)分析

• 售后答疑

百邁客云，個(gè)性化分析全面升級(jí)！

可視化操作、交互性基因深度挖掘，關(guān)注哪里“點(diǎn)”哪里?！净静僮鳌炕蚬δ堋⒒蛎Q、序列和ID的檢索、關(guān)鍵基因功能及通路分析、WGCNA分析等基因功能挖掘。【個(gè)性化挖掘】個(gè)性化差異分析方案，個(gè)性化圖表優(yōu)化、共表達(dá)趨勢(shì)分析、基因結(jié)構(gòu)分析。

結(jié)果展示

數(shù)據(jù)質(zhì)控

為確保Reads有足夠高的質(zhì)量，將下機(jī)原始測(cè)序數(shù)據(jù)（raw reads）去掉含有帶接頭的、低質(zhì)量的reads，得到clean reads，保證后續(xù)分析的準(zhǔn)確性。測(cè)序因受測(cè)序儀本身、測(cè)序試劑、樣品等因素影響，存在一定的錯(cuò)誤率。堿基測(cè)序錯(cuò)誤率分布圖可以反映測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。

參考序列比對(duì)

將Clean Reads與參考基因組進(jìn)行序列比對(duì)，獲取在參考基因組或基因上的位置信息，定位區(qū)域分為Exon（外顯子）、Intron（內(nèi)含子）
和Intergenic（基因間區(qū)）。比對(duì)到參考基因組上的Reads稱為Mapped Reads，Mapped Reads占Clean Reads的百分比，可以評(píng)估所選參考基因組組裝是否能滿足信息分析的需求。

重復(fù)相關(guān)性評(píng)估

生物學(xué)重復(fù)的相關(guān)性不僅可以檢驗(yàn)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)操作的可重復(fù)性，還可以評(píng)估差異表達(dá)基因的可靠性和輔助異常樣品的篩查。

差異表達(dá)基因分析

差異表達(dá)基因以火山圖、MA圖、韋恩圖、聚類熱圖、蛋白互作圖等形式呈現(xiàn)，通過(guò)火山圖（Volcano Plot）可以快速地查看基因在兩個(gè)（組）樣品中表達(dá)水平的差異，以及差異的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。對(duì)于有生物學(xué)重復(fù)的樣本，我們采用DEseq進(jìn)行樣品組間的差異表達(dá)分析，獲得兩個(gè)生物學(xué)條件之間的差異表達(dá)基因集；對(duì)于沒(méi)有生物學(xué)重復(fù)的樣本，使用EBseq進(jìn)行差異分析。篩選差異基因標(biāo)準(zhǔn)一般為：Fold Change≥2，F(xiàn)DR<0.01。

差異表達(dá)基因聚類分析

聚類分析用于判斷差異基因在不同實(shí)驗(yàn)條件下的表達(dá)模式，可通過(guò)將表達(dá)模式相同或相近的基因聚集成類，從而識(shí)別未知基因的功能或已知基因的未知功能，同類基因可能具有相似的功能或共同參與同一代謝過(guò)程。

差異表達(dá)基因GO分類

差異表達(dá)基因GO注釋分類統(tǒng)計(jì)圖，直觀的反映出在生物過(guò)程（biological process）、細(xì)胞組分（cellular component）
和分子功能（molecular function），所有基因和差異基因注釋GO term的個(gè)數(shù)分布?？缮钊胪诰虿町惢虻墓δ芗八诘男盘?hào)通路，篩選關(guān)注差異基因注釋情況。

差異表達(dá)基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

STRING收錄多個(gè)物種預(yù)測(cè)的和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括直接的物理互作和間接的功能相關(guān)。結(jié)合差異表達(dá)分析結(jié)果和數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的互作關(guān)系對(duì)，構(gòu)建差異表達(dá)基因互作網(wǎng)絡(luò)。

測(cè)序數(shù)據(jù)組裝

對(duì)于無(wú)參轉(zhuǎn)錄組，過(guò)濾得到的高質(zhì)量clean reads需通過(guò)Trinity軟件進(jìn)行組裝得到轉(zhuǎn)錄本序列。轉(zhuǎn)錄本測(cè)序深度除了受測(cè)序數(shù)據(jù)量等影響，還與該轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)豐度有關(guān)。為了使各樣品中表達(dá)豐度較低的轉(zhuǎn)錄本組裝得更完整，對(duì)于同物種的測(cè)序樣品推薦合并組裝可以間接增加測(cè)序深度，從而使轉(zhuǎn)錄結(jié)果更完整，同時(shí)也有利于后續(xù)的數(shù)據(jù)分析；而對(duì)于不同物種的樣品，由于基因組間存在差異，推薦采用分別組裝或分開(kāi)分析。

差異表達(dá)基因KEGG通路富集

差異表達(dá)基因的KEGG Pathway富集分析，系統(tǒng)分析基因產(chǎn)物在細(xì)胞中的代謝途徑以及這些基因產(chǎn)物功能，把基因及表達(dá)信息作為一個(gè)整體的網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行研究。利用富集因子（Enrichment Factor）分析Pathway的富集程度，并利用超幾何檢驗(yàn)方法計(jì)算富集顯著性。

常見(jiàn)問(wèn)題

項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富，碩果累累

公司成立多年以來(lái)，擁有豐富的項(xiàng)目分析經(jīng)驗(yàn)，據(jù)不完全統(tǒng)計(jì)，完成轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目10000+，完成樣本數(shù)200000+；年處理樣本數(shù)10000+；農(nóng)學(xué)物種涉及糧食作物、果蔬、觀賞植物、害蟲、家禽牲畜、水產(chǎn)動(dòng)植物等，醫(yī)學(xué)物種涉及人、鼠，研究方向包括發(fā)育調(diào)控、環(huán)境適應(yīng)、突變表現(xiàn)、遺傳進(jìn)化、疾病發(fā)生發(fā)展機(jī)制、耐藥機(jī)制和藥物的研發(fā)診斷等各種領(lǐng)域?？筛鶕?jù)項(xiàng)目需要選擇方案，保障結(jié)果精準(zhǔn)。

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