IF36.1-Nature Methods | 11種空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)系統(tǒng)性比較評(píng)估

2024年7月4日，廣州實(shí)驗(yàn)室田魯亦團(tuán)隊(duì)和西湖大學(xué)劉曉東團(tuán)隊(duì)聯(lián)合墨爾本大學(xué)、哈佛大學(xué)等研究團(tuán)隊(duì)在Nature Methods發(fā)表了一篇題為“Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods”的研究成果。系統(tǒng)對(duì)常見的11種（包括百創(chuàng)智造BMKMANU S1000、10X Genomics Visium（基于poly-A 和基于探針）、DynaSpatial、HDST、Slide-seq V2、Curio Seeker（Slide-seq 的商業(yè)版本）、Slide-tag、Stereo-seq、PIXEL-seq、Salus 和 DBiT-seq）基于測(cè)序的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（sequencing-based spatial transcriptomics，簡(jiǎn)稱sST）進(jìn)行了比較，并發(fā)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組具有獨(dú)特的屬性，并不是簡(jiǎn)單的為單細(xì)胞數(shù)據(jù)提供空間維度數(shù)據(jù)這么簡(jiǎn)單，擁有捕獲特殊罕見狀態(tài)細(xì)胞及marker的能力，這一點(diǎn)與百邁客生物在空間項(xiàng)目中的案例相符。

文章標(biāo)題：Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods

期刊名稱：Nature Methods

研究對(duì)象：小鼠胚胎（眼球）、成年小鼠腦（海馬區(qū)）和嗅球

研究團(tuán)隊(duì)：廣州實(shí)驗(yàn)室、西湖大學(xué)、墨爾本大學(xué)、哈佛大學(xué)等

影響因子：36.1

DOI：10.1038/s41592-024-02325-3

研究背景

盡管sST技術(shù)通過促進(jìn)轉(zhuǎn)錄組尺度的空間基因表達(dá)測(cè)量催化了生命科學(xué)領(lǐng)域重要的進(jìn)展，但目前還缺乏對(duì)不同平臺(tái)進(jìn)行全面基準(zhǔn)測(cè)試的評(píng)估。現(xiàn)有的技術(shù)和數(shù)據(jù)集的可變性對(duì)制定標(biāo)準(zhǔn)化評(píng)估指標(biāo)提出了挑戰(zhàn)。但由于技術(shù)和數(shù)據(jù)集之間的差異性，該領(lǐng)域目前仍缺乏全面的基準(zhǔn)測(cè)試研究。

實(shí)驗(yàn)基準(zhǔn)數(shù)據(jù)

使用11種sST技術(shù)，對(duì)三種組織進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，測(cè)序及分析，并對(duì)可以實(shí)現(xiàn)更高分辨率的BMKMANU S1000、Stereo-seq及Slide-seqV2?在細(xì)胞級(jí)（10μm）分辨率下進(jìn)一步進(jìn)行了分析。

文中使用的上一代BMKMANU S1000空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)，per spot?直徑2.5μm，中心距4.8μm，達(dá)到了亞細(xì)胞級(jí)別的分辨率，并是其中可以提供高清原片明場(chǎng)成像的高分辨率技術(shù)。BMKMANU S1000在腦海馬的數(shù)據(jù)組中除了展現(xiàn)出卓越的分子逸散控制性能外，還在基因的檢出中有優(yōu)秀表現(xiàn)，研究成本溫和，綜合性能優(yōu)秀，是空間組學(xué)研究者的高效手段工具。

捕獲能力測(cè)試

在各個(gè)平臺(tái)的捕獲性能測(cè)試中，文章通過對(duì)相同捕獲面積內(nèi)的UMI數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，以此來進(jìn)行捕獲效率的評(píng)判，文中分別對(duì)原始測(cè)序下，以及數(shù)據(jù)歸一化條件下，進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)，展示出了較大的差異，這意味著不同的測(cè)序量對(duì)UMI的檢出存在較大的影響，高的數(shù)據(jù)量可以明顯提升UMI的檢出，隱性表示空間組學(xué)應(yīng)需要比單細(xì)胞更高的測(cè)序深度。

同時(shí)在歸一化的結(jié)果下，高分辨率技術(shù)中，BMKMANU S1000展現(xiàn)出了極為優(yōu)秀的基因捕獲能力。

文中對(duì)visium(polyA-based)未能捕獲到的基因，在其它技術(shù)平臺(tái)中的表現(xiàn)也做了統(tǒng)計(jì)，其中BMKMANU S1000、Stereo-seq及Slide-seqV2都展現(xiàn)出了統(tǒng)一且全面的基因捕獲性能。

分子橫向擴(kuò)散測(cè)試

通過小鼠嗅球（Pixel-seq，Stereo-seq，Slide-seqV2）,小鼠腦海馬（BMKMANU S1000，Slide-seqV2，Salus，Stereo-seq），小鼠胚胎眼球（BMKMANU S1000，Stero-seq，Slide-seqV2）經(jīng)典marker（Slc17a7、Ptgds及Pmel）的回溯來評(píng)估分子的橫向逸散問題，發(fā)現(xiàn)BMKMANU?S1000在腦海馬的表現(xiàn)優(yōu)秀，在小鼠胚胎眼球中表現(xiàn)不足，不同的技術(shù)表現(xiàn)出的差異，文中也給出了推論：可能跟樣本切片操作及組織透化等實(shí)驗(yàn)存在關(guān)聯(lián)，提示后續(xù)的研究者在樣本準(zhǔn)備及透化實(shí)驗(yàn)應(yīng)該更加的謹(jǐn)慎。

聚類及注釋

通過對(duì)各種技術(shù)平臺(tái)小鼠胚胎眼球數(shù)據(jù)的聚類注釋并與經(jīng)典結(jié)構(gòu)做對(duì)比，進(jìn)行了評(píng)估測(cè)試，在全部數(shù)據(jù)下Slide-seqV2,Stereo-seq表現(xiàn)出了預(yù)期結(jié)果，BMKMANU S1000?在黑色素細(xì)胞的分型中未能預(yù)期，這也跟之前的分子橫向擴(kuò)散結(jié)果相匹配。同時(shí)在歸一化的數(shù)據(jù)下，BMKMANU S1000與其它兩種技術(shù)有了相似的細(xì)胞類型檢出，這樣證明測(cè)序的數(shù)據(jù)量也會(huì)對(duì)后續(xù)的細(xì)胞類型鑒定造成影響。

跨技術(shù)平臺(tái)的marker及通訊分析差異

通過各個(gè)聚類差異marker的鑒定，發(fā)現(xiàn)不同的技術(shù)上有不同的表現(xiàn)，這可能與實(shí)驗(yàn)中的條件，尤其是透化條件，測(cè)序深度等存在一定的關(guān)系。

不同sST方法和通訊分析方法（如CellChat和CellPhoneDB_v4）并未獲得一致結(jié)果。

文章總結(jié)

本次項(xiàng)研究中，使用11種sST方法對(duì)目標(biāo)組織進(jìn)行了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，生成了一個(gè)跨平臺(tái)的數(shù)據(jù)集（稱為cadasSTre），旨在對(duì)基于測(cè)序的空間轉(zhuǎn)錄組（sST）方法進(jìn)行基準(zhǔn)測(cè)試，深入比較了這些方法的靈敏度、擴(kuò)散性、聚類能力和標(biāo)記基因檢測(cè)性能，以及不同聚類方法，通訊分析方法存在的差異。更是通過空間數(shù)據(jù)與單細(xì)胞數(shù)據(jù)的比較提出了空間轉(zhuǎn)錄組并非僅有為單細(xì)胞數(shù)據(jù)添加空間維度信息一個(gè)屬性，更在特殊狀態(tài)細(xì)胞等方面存在意義。

研究結(jié)果表明，上一代BMKMANU S1000在圖像，基因檢出，研究成本控制上表現(xiàn)突出。研究者也同樣認(rèn)為雖然spot直徑是一個(gè)相對(duì)重要的指標(biāo)，但是相比于此，整體基因的捕獲，分析擴(kuò)散的控制更為重要。

三種高分辨率的技術(shù)，分別在嗅球，眼球，腦海馬樣本中的表現(xiàn)不一，沒有恒定優(yōu)秀的平臺(tái)，這說明空間數(shù)據(jù)的差異，很有可能除了技術(shù)平臺(tái)的差異，很大程度上會(huì)受樣品類型以及實(shí)驗(yàn)差異的影響。提醒后續(xù)的研究者在前期的備樣及實(shí)驗(yàn)中應(yīng)更加的謹(jǐn)慎。

百邁客生物在長(zhǎng)期的空間高分辨率空間產(chǎn)品服務(wù)中，積攢了足夠的樣本經(jīng)驗(yàn)，可以確保前期實(shí)驗(yàn)對(duì)結(jié)果差異影響降到最低，同時(shí)新一代百創(chuàng)S3000產(chǎn)品更是在分子捕獲方面有了非常大的提升（30%-70%，不同物種及組織UMI數(shù)目）同時(shí)結(jié)合百創(chuàng)獨(dú)有的“三片合一”細(xì)胞分割策略可以更好提升結(jié)果準(zhǔn)確性，能夠獲取到更為豐富、深入的細(xì)胞及空間位置信息。這不僅提高了研究的準(zhǔn)確性和可靠性，還能夠?yàn)榭蒲泄ぷ髡咛峁└忧逦⒅庇^的空間細(xì)胞級(jí)別圖像，幫助更好地理解和分析實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

百邁客生物也期待更多的科學(xué)家和業(yè)界專家加入到這一領(lǐng)域的研究中來，共同推動(dòng)生命科學(xué)領(lǐng)域的繁榮與發(fā)展。