pyGenomeTracks的使用方法

在表觀多組學(xué)聯(lián)合分析中，需要對(duì)某個(gè)區(qū)域進(jìn)行可視化。igv、UCSC、GBrowse、WashU Epigenome Browser、R包Sushi等都可對(duì)多組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化。

今天給大家介紹一款基于python語(yǔ)言的軟件pyGenomeTracks,?擁有和基因組瀏覽器相同的展現(xiàn)形式。它能夠滿足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多種組學(xué)數(shù)據(jù)類型，是一款功能強(qiáng)大且使用方法簡(jiǎn)單的強(qiáng)大軟件。

?pyGenomeTracks首先生成繪圖文件，bigwig、bed、Hi-C文件，然后根據(jù)繪圖文件生成配置文件name.ini; 最后使用pyGenomeTracks命令對(duì)特定區(qū)域生成相應(yīng)的結(jié)果文件。具體的使用方法如下：

1、?安裝軟件

pyGenomeTracks使用conda、pip和源碼安裝，推薦使用conda安裝

參考網(wǎng)址：https://pygenometracks.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html

2、?繪圖文件

pyGenomeTracks旨在產(chǎn)生高度可定制的高質(zhì)量基因組瀏覽器軌道。目前，可以繪制：

 

具體格式說(shuō)明，見(jiàn)

https://www.jianshu.com/p/4880f1969919

epilogos文件：將表觀遺傳狀態(tài)（例如來(lái)自chromHMM）可視化。有關(guān)更多信息見(jiàn)：https://epilogos.altiusinstitute.org/；使用qcat文件繪制epilogos。文件可以使用epilogos軟件創(chuàng)建；軟件鏈接：https://github.com/Altius/epilogos

narrow peaks文件： MACS2 narrowPeak格式；其中根據(jù)峰的起點(diǎn)，終點(diǎn)，峰頂和高度繪制了峰的形狀。

Hi-C矩陣文件： 矩陣必須用h5格式，如果我們利用HiCPro軟件得到的矩陣需要使用HiCExplorer的hicConvertFormat轉(zhuǎn)成h5格式。它可以對(duì)h5、cool、hic、homer、hicpro這些格式相互轉(zhuǎn)換。eg：

參數(shù)說(shuō)明：

具體參數(shù)說(shuō)明見(jiàn)：

https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/tools/hicConvertFormat.html?highlight=hicConvertFormat%20

 

3、?使用過(guò)程

第一步：準(zhǔn)備繪圖配置文件：可自動(dòng)生成，也可以按照模板手動(dòng)填寫(xiě)

參數(shù)說(shuō)明：

單個(gè)track

生成繪圖配置文件tracks.ini如下：

 

第二步：繪圖代碼

 

參數(shù)說(shuō)明：

 

生成的結(jié)果如下：

 

多個(gè)track

 

結(jié)果如下：

pyGenomeTracks還可以繪制更復(fù)雜的圖形哦！

 

 

多組學(xué)分析的時(shí)候經(jīng)常會(huì)對(duì)相同的文件繪制不同的區(qū)域，pyGenomeTracks可生產(chǎn)一個(gè)region.bed文件，進(jìn)而對(duì)相同的文件繪制不同的區(qū)域：

 

 

更多示例見(jiàn)：https://pygenometracks.readthedocs.io/en/latest/content/examples.html

 

參考文獻(xiàn)：

Ramírez, F., Bhardwaj, V., Arrigoni, L. et al. High-resolution TADs reveal DNA sequences underlying genome organization in flies. Nat Commun 9, 189 (2018). https://doi.org/10.1038/s41467-017-02525-w