三代測序儀以其超長讀長的優(yōu)勢，在基因組組裝中備受青睞，目前廣泛應(yīng)用的是PacBio三代單分子熒光測序和Nanopore三代單分子納米孔測序，因Nanopore測序讀長更長且通量高的特點，近幾年在基因組組裝應(yīng)用中嶄露頭角，先后在Nature Biotechnology上發(fā)表了人的基因組、Plant cell上發(fā)表了野生番茄基因組、Nature Genetics上發(fā)表了高粱基因組等等，測序技術(shù)已相當成熟。
ONT測序結(jié)果展示
作物類（部分）
林木類（部分）
動物（部分）
水產(chǎn)（部分）
中藥材（部分）
注：Species：分析的物種信息；SeqNum：各個長度范圍內(nèi)序列的數(shù)目；SumBase：指各個長度范圍內(nèi)序列的總長度；N50Len：reads N50長度；N90Len：readsN90長度；MeanLen：平均reads長度；MaxLen：最長reads長度；MeanQual：質(zhì)量值。
以上是總結(jié)的部分作物類、林木類、動物、水產(chǎn)和中藥材的下機數(shù)據(jù)結(jié)果展示，從以上的數(shù)據(jù)不難看出，平均raeds長度幾乎均在20Kb以上，最長reads高達1.6Mb以上（不同樣品DNA抽提難易程度不同，會造成一定的影響）。
基因組組裝結(jié)果展示
上表中最后一列MeanQual就是下機數(shù)據(jù)的質(zhì)量值，與堿基準確度的換算公式為：準確度 = 1-10^(-Q/10)，經(jīng)計算? Nanopore下機數(shù)據(jù)單堿基的平均準確率約為86%左右，這樣經(jīng)過校正的數(shù)據(jù)再用Canu、SMARTdenovo、WTDBG等軟件進行基因組的組裝，再經(jīng)過二代數(shù)據(jù)的polish之后，堿基的準確度可達到99.99%以上呢！
廢話少說，直接上組裝結(jié)果！
植物（部分）
動物（部分）
注：Species：分析的物種信息；CtgNum：contig數(shù)目；CtgLen：contig總長度；CtgN50：contigN50長度；CtgN90：contigN90長度；CtgMax：最長contig長度；GC(%)：GC含量占比。
注：物種：分析的物種信息；Complete BUSCOs：找到完整基因數(shù)；Complete and single-copy BUSCOs：其中單拷貝基因數(shù)；Complete and duplicated BUSCOs：多拷貝基因數(shù)；Fragmented BUSCOs：預(yù)測不完整基因數(shù)；Missing BUSCOs：沒有預(yù)測出來的基因數(shù)。
評估結(jié)果顯示基因完整度均在90%以上！！說明Nanopore數(shù)據(jù)的組裝連續(xù)性和完整性都是非常好的，是值得廣大科研工作者信賴的哦！
百邁客ONT平臺發(fā)展歷程
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