【circos教程】之染色體設(shè)置

先前已經(jīng)大致介紹了circos軟件的安裝、配置文件、如何畫圖等。下面小編將詳細(xì)介紹一下染色體的設(shè)置問題。

Circos圖可以展示數(shù)據(jù)在染色體上的分布情況，首先我們需要一個染色體的信息文件，畫出染色體的圈，該信息由circos.conf的karyotype參數(shù)進(jìn)行設(shè)置，如下圖：

該文件以\t分隔，共有七列信息，下面是該文件的具體信息 ：

小編給大家溫習(xí)一下該文件各列的具體含義：第一二列一般都設(shè)置成chr和-；第三列染色體的編號，要求每條染色體的名字必須唯一；第四列染色體標(biāo)簽，即在圖中展示的名字；第五列和第六列分別是染色體的起始和終止位置；第六列是每條染色體的顏色，軟件安裝目錄里的colors.ucsc.conf已經(jīng)使用RGB代碼定義了這些標(biāo)簽的顏色。當(dāng)然，大家可以根據(jù)自己的需要在colors.brewer.conf文件中設(shè)置染色體的顏色（上圖hs19~hsY的顏色就是小編根據(jù)自己的需要設(shè)置的染色體顏色），circos教程具體設(shè)置方法如下:

染色體刻度單位

參數(shù)chromosome_units定義一個染色體刻度（u）的大小，參數(shù)chromosomes_units=1000000的意思是1u=1000000，那10u就是10*1000000。

展示部分染色體

Circos軟件默認(rèn)畫出所有染色體的信息，如果我們想只展示其中的某些染色體，可以在circos.conf的添加下圖中的兩個參數(shù)：

chromosomes_display_default = no，意思就是關(guān)閉默認(rèn)顯示。只需用“chromosomes =”指定需要顯示的染色體。hs1,hs2,hs3等都是染色體組型文件當(dāng)中的第三列信息。畫出的圖如下：

circos教程之更改染色體排列位置

如果想自定義染色體排列順序，可以使用chromosomes_order參數(shù)來設(shè)定，假設(shè)在上圖的基礎(chǔ)上，想將hs11，hs12，hs13染色畫在前面，可以設(shè)置chromosomes_order=hs11;hs12;hs13;hs1;hs2;hs3;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8;hs9;hs10;hs14;hs15;hs16;hs17;畫出的圖如下：

circos教程之更改染色體間的間隔

上面我們出的圖染色體之間間隔較近，我們可以使用<spacing>…</spacing>設(shè)置染色體間隔，使染色體之間的間隔變大。

將原參數(shù)default=0.003r改為0.003r，生成的圖如下：

如果我們只想設(shè)置某兩條染色體之間的間隔大，可以通過<pairwise>…….</pairwise>參數(shù)設(shè)置，染色體之間以分號分隔，spacing參數(shù)設(shè)置兩條染色體之間的間隔。

染色體條帶填充

如果不想填充條帶，只想以染色體對應(yīng)的顏色填充染色體的，可以通過設(shè)置show_bands= no參數(shù)實現(xiàn)。

如果既想填充顏色，又想填充條帶參數(shù)設(shè)置如下：