Q5. 如何進行動植物的miRNA鑒定

答：
在已知miRNA鑒定方面，我們將比對到參考基因組的reads與miRBase（v22）數(shù)據(jù)庫中的已知miRNA的成熟序列及其上游2nt與下游5nt的范圍進行比對，最多允許一個錯配，這樣鑒定到的reads被認為是鑒定到的已知miRNA。
miRNA轉(zhuǎn)錄起始位點多位于基因間隔區(qū)、內(nèi)含子以及編碼序列的反向互補序列上，其前體具有標志性的發(fā)夾結(jié)構(gòu)，成熟體的形成是由Dicer/DCL酶的剪切實現(xiàn)的。針對miRNA的生物特征，對于未鑒定到已知miRNA的序列，百邁客利用miRDeep2軟件進行新miRNA的預(yù)測。
我們利用miRDeep2軟件包,通過reads比對到基因組上的位置信息得到可能的前體序列，基于reads在前體序列上的分布信息(基于miRNA產(chǎn)生特點，mature,star,loop)及前體結(jié)構(gòu)能量信息(RNAfold randfold)采用貝葉斯模型經(jīng)打分最終實現(xiàn)新miRNA的預(yù)測。miRDeep2主要用于動物miRNA的預(yù)測，通過參數(shù)的調(diào)整及打分系統(tǒng)的改變也可以對植物的miRNA進行預(yù)測。