Q2.Beta多樣性四種距離算法的差異？

Beta 多樣性分析主要采用 binary jaccard、 bray curtis、 unweighted Unifrac(限細(xì)菌)、weighted Unifrac (限細(xì)菌)等4種算法計(jì)算樣品間的距離，那么這四種算法都有什么差別呢？

非加權(quán)的計(jì)算方法，主要考慮的是物種的有無(wú)，即如果兩個(gè)群體的物種類(lèi)型都一致，表示兩個(gè)群體的樣本距離最小；加權(quán)方法，則同時(shí)考慮物種有無(wú)和物種豐度兩個(gè)問(wèn)題。比如如樣品A由3個(gè)物種a和2個(gè)物種b組成，樣品B由2個(gè)物種a和3個(gè)物種b組成，則通過(guò)非加權(quán)方法計(jì)算，因?yàn)闃悠?span lang="EN-US">A與樣品B的物種組成完全一致，都只由物種a和b組成，因此它們之間的樣本距離為0。但通過(guò)加權(quán)方法計(jì)算，雖然樣品A與樣品B的物種組成一致，但物種a和b的數(shù)目卻不同，因此兩個(gè)群體的β多樣性則并非一致。

基于獨(dú)立OUT的方法認(rèn)為OTU之間不存在進(jìn)化上的聯(lián)系，每個(gè)OTU間的關(guān)系平等；基于系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)計(jì)算的方法，會(huì)根據(jù)16s的序列信息對(duì)OTU進(jìn)行進(jìn)化樹(shù)分類(lèi)， 因此不同OTU之間的距離實(shí)際上有“遠(yuǎn)近”之分。