測(cè)序結(jié)果中GO和KEGG富集分析所用的指標(biāo)分別是KS和Q-value，一般文獻(xiàn)用的都是p value<0.05，我想問(wèn)一下KS和Q-value要分別設(shè)置為多少？有沒(méi)有其他測(cè)序的文章用這兩個(gè)指標(biāo)。

答：Go富集我們使用的是Blast2GO R包;KEGG是我們根據(jù)fisher檢驗(yàn)算法自己編寫(xiě)的程序。

KS<0.05,這個(gè)值和p-value的意義相同，是TopGO軟件包中的一個(gè)檢驗(yàn)方法。

Q-value<0.01，這個(gè)值是對(duì)p-value值的一個(gè)校正，和FDR概念相似，是fisher檢驗(yàn)中的一個(gè)檢驗(yàn)方法。

測(cè)序文章一般不用這兩個(gè)指標(biāo)，涉及到算法的文獻(xiàn)中才有。