第一種；直接使用提供的BSCMatrixx進(jìn)行運(yùn)行；

第二種；如果習(xí)慣使用cellranger，可以使用提供的FQ_BMKMANU_to_10X 模塊將BMKMANU DG1000的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為10X格式直接使用cellranger分析

策略一

直接使用BSCMatrix進(jìn)行分析

1、軟件依賴與安裝

1).Python: 3.8及以上，需要安裝模塊: plotly lz4 numpy Cython h5py scipy pandas pytables sklearn

2).R: 4.0及以上，需要安裝包: Seurat dplyr tibble ggplot2 plotly htmlwidgets kableExtra htmltools shiny knitr rmarkdown optparse

3).Cell Ranger: 7.0及以上

4).Seqkit (https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/)

依賴的軟件需要使用export添加到環(huán)境變量中，以實(shí)現(xiàn)流程的調(diào)用。

2、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

1).測(cè)序數(shù)據(jù)，雙端FASTQ數(shù)據(jù)

2).參考基因組數(shù)據(jù)，基因組序列文件和gtf文件（配置文件使用的注釋文件需要包含gene和exon）

3、配置文件填寫

### Globle parameters

## data 測(cè)序數(shù)據(jù)

FQ1 /path/to/read_1.fastq

FQ2 /path/to/read_2.fastq

## Ref genome 參考基因組和gtf文件
FA /path/to/ref/file
GFF /path/to/gtf/file

## out put 輸出路徑以及輸出結(jié)果前綴

OUTDIR /path/to/result/dir/

PREFIX outfile-prefix

##other parameters 其它配置參數(shù)（期望細(xì)胞數(shù)、線程數(shù)目、內(nèi)存上限100Gb，Nobam?設(shè)置為0代表不輸出bam，設(shè)置其它字符代表輸出）

EC 3000

Threads 8

RAM 100

Nobam? 1

ENV ###R和python解釋器路徑（可選，如果不提供，則放到環(huán)境變量中）

Rscript /path/to/R/bin/

PYTHON /path/to/python/bin/

4、流程運(yùn)行

1).流程說明

流程分為4個(gè)步驟，功能如下：

1.1步驟1，運(yùn)行fastq2BcUmiSC_v1.1，識(shí)別fastq數(shù)據(jù)中的barcode、umi

1.2步驟2，調(diào)用Cell Ranger程序，獲取基因表達(dá)矩陣

1.3步驟3，運(yùn)行QC，進(jìn)行umap和tsne分析

1.4步驟4，運(yùn)行WebReport，得到網(wǎng)頁版報(bào)告

2).流程參數(shù)

-c config.txt 配置文件

-s 步驟選擇，0為運(yùn)行1-4所有步驟，也可選擇個(gè)別步驟單獨(dú)運(yùn)行，多個(gè)步驟中間使用”,”分割。

3).參考命令

./BSCMatrix -c config.txt -s 0

./BSCMatrix -c config.txt -s 1,2,3,4

./BSCMatrix -c config.txt -s 1,2

5、結(jié)果說明

01.fastq2BcUmiSC ##步驟1運(yùn)行結(jié)果目錄
├── prefix.bc_stat ##不同barcode統(tǒng)計(jì)
├── prefix.filter ##barcode 過濾信息
├── prefix.qual.stat ##Reads 統(tǒng)計(jì)
├── prefix.stat ##barcode檢測(cè)統(tǒng)計(jì)
└── prefix.umi ##Reads barcode umi信息

02.cellranger/ ##步驟2 運(yùn)行結(jié)果目錄
├── bmk_10x_barcode.xls ## barcode對(duì)照表
├── data/ ##數(shù)據(jù)存放目錄
├── INDEX/ ##參考基因組索引文件夾
├── Log.out ##索引構(gòu)建日志文件
├── R1.fq.gz ## R1端數(shù)據(jù)
├── R2.fq.gz ## R2 端數(shù)據(jù)
├── ReadID.xls ##ReadID 信息
└── prefix/ ##調(diào)用Cell Ranger 軟件分析結(jié)果目錄

03.cluster/ ## 步驟3 運(yùn)行結(jié)果目錄
├── cluster.csv ##細(xì)胞聚類結(jié)果
├── marker_gene.csv ##marker gene
├── tsne_df.xls ##tsne聚類結(jié)果
├── tsne_files/ ##tsne html附錄文件
├── tsne.html ##tsne html 格式圖片
├── tsne.pdf ##tsne pdf格式圖片
├── umap_df.xls ##umap 聚類結(jié)果
├── umap_files/ ##umap html附錄文件
├── umap.html ##umap html格式圖片
└── umap.pdf ##umap pdf格式圖片

04.WebReport/ ##步驟4 運(yùn)行結(jié)果目錄
├── 10x ##調(diào)用Cell Ranger程序執(zhí)行的結(jié)果
└── bmk ##網(wǎng)頁報(bào)告

##############BSCMatrix 環(huán)境依賴######################################

1、conda 安裝

#下載
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

#下載完成之后運(yùn)行（按提示安裝）
sh Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

#安裝完成后執(zhí)行以下命令
source ~/.bashrc

2、conda 環(huán)境配置

conda create -n (環(huán)境名) python=3.9

#激活創(chuàng)建的環(huán)境
conda activate (環(huán)境名)

#添加鏡像源
conda config –add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config –add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config –add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config –add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

#查看鏡像源
conda config –show-sources

3、安裝python模塊
pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple plotly
pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple lz4
pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple Cython
pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple h5py
pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple scipy
pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple tables
pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple sklearn
pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pandas

4、安裝指定R版本（v4.2）
conda install -c conda-forge r-base=4.2

5、安裝R包
conda install -c conda-forge r-seurat=4.3.0
conda install -c conda-forge r-dplyr=1.1.0
conda install -c conda-forge r-tibble=3.1.8
conda install -c conda-forge r-plotly=4.10.1
conda install -c conda-forge r-htmlwidgets=1.6.1
conda install -c conda-forge r-kableextra=1.3.4
conda install -c conda-forge r-htmltools=0.5.4
conda install -c conda-forge r-shiny=1.7.4
conda install -c conda-forge r-knitr=1.42
conda install -c conda-forge r-rmarkdown=2.20
conda install -c conda-forge r-optparse=1.7.3

6、Cell Ranger安裝
#下載
wget -O cellranger-7.1.0.tar.gz “https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-7.1.0.tar.gz?Expires=1675964753&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci03LjEuMC50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2NzU5NjQ3NTN9fX1dfQ__&Signature=IFr7ONDqEkZRR6QpU~A6719a9Mc2SD2tI1z6RrGldFFTCiY6Z7VR0x0Gr90jtvTUmYTJ2S0NyuK6SVmdeIZUCcbjz9elG1ImGx7AprTCRD3m~0se-xha2lFr87bEsbAa-7uoyW14wXRlj17b0oG9WomNvVSNNKJSzSSfCkqX3Ev9B82b~DMD-7-Hlb8lAsorv18R8y41T4UihIRdY-LE-I5Gk3fTodmBUjvSEuI3VEalsrVsrN5AdBDpwiCPqSiExODVM0RIsUDV158ceAYFiu5Y9wgbwQVOFMZGYI0d-6tO1VPo4RwwWl0X7c2q21im6BNSQrhQzoDv5cj5COesmQ__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA”

##下載完成之后解壓
tar -zxvf cellranger-7.1.0.tar.gz

##配置環(huán)境變量
echo “PATH=安裝路徑/cellranger/7.1.0/bin:$PATH” >~/.bashrc

7、安裝seqkit
conda install -c bioconda seqkit

策略二

使用FQ_BMKMANU_to_10X 對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)換，然后使用cellranger進(jìn)行分析

#########################軟件說明#########################################
./dealFQ
Description:
Version:v1.0

Usage:
-r1 Read1 Fastq must be given #########R1端數(shù)據(jù)
-r2 Read2 Fastq must be given #########R2端數(shù)據(jù)
-o outdir optional [./] ########輸出路徑
-k keyword optional [bmk] #########關(guān)鍵字
-t threads optional [4] ##########線程數(shù)目
-h help document

Example:
dealFQ -r1 R1.fq.gz -r2 R2.fq.gz -o analysis -k bmk -t 8

#########################結(jié)果說明##########################################
├── 01.fastq2BcUmiSC
│?? ├── *.bc_stat ##不同barcode統(tǒng)計(jì)
│?? ├── *.filter ##barcode 過濾信息
│?? ├── *.qual.stat ##Reads 統(tǒng)計(jì)
│?? ├── *.stat ##barcode檢測(cè)統(tǒng)計(jì)
│?? └── *.umi ##Reads barcode umi信息
└── 02.data
├── bmk_10x_barcode.xls ## barcode對(duì)照表
├── data
│?? ├── *_S1_L001_R1_001.fastq.gz ##cellranger分析所需數(shù)據(jù) （R1.fq.gz的硬鏈接）
│?? └── *_S1_L001_R2_001.fastq.gz ##cellranger分析所需數(shù)據(jù)（R2.fq.gz的硬鏈接）
├── R1.fq.gz
├── R2.fq.gz
└── ReadID.xls ##ReadID 信息

######################################
可以使用軟件dealFQ 將DG1000數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成10x cellranger兼容數(shù)據(jù)，然后用cellranger進(jìn)行下游分析，文件夾內(nèi)02.data/data數(shù)據(jù)即是cellranger分析所需數(shù)據(jù)。

目前常見的捕獲單細(xì)胞技術(shù)方法有：微流控和微孔板法。本文通過基于微流控法的平臺(tái)-百創(chuàng)DG1000來精準(zhǔn)捕獲細(xì)胞，并進(jìn)行后續(xù)的逆轉(zhuǎn)錄、cDNA合成與擴(kuò)增、文庫構(gòu)建等實(shí)驗(yàn)，從而獲得每個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組信息。

1、芯片加樣

處理好的細(xì)胞懸液盡量在30min以內(nèi)上機(jī)實(shí)驗(yàn)，長(zhǎng)時(shí)間放置，會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞活性降低。按照一定的加樣順序，分別將細(xì)胞相、膠珠相（DG1000-3′ gel beads）、油相加入到芯片（圖1:左圖）對(duì)應(yīng)孔中，然后將芯片放入到百創(chuàng)DG1000微液滴生成儀中（圖1:右圖），啟動(dòng)開關(guān)。

圖1：百創(chuàng)C1000芯片結(jié)構(gòu)（左圖）；百創(chuàng)DG1000微液滴生成儀（右圖）

2、形成GEMs

儀器運(yùn)行后，通過控制流速的方法，使得在“Y型”接口處，一個(gè)膠珠會(huì)吸附單個(gè)細(xì)胞及逆轉(zhuǎn)錄預(yù)混液一起向右流動(dòng)。到了“十字”接口處，它們與油相接觸后，每一個(gè)油滴中會(huì)包裹著一個(gè)膠珠與一個(gè)細(xì)胞，也就是“油包水”（GEMs）結(jié)構(gòu)。

圖2：形成“油包水”的原理（左）；“油包水”（GEMs）結(jié)構(gòu)示意圖（右）。

引物結(jié)構(gòu)

• 百創(chuàng)DG1000-3′ gel beads（膠珠）上固定的引物由4部分組成 ：Read1、Cell Barcode、UMI、Poly(dT)VN。
• Read 1: 是一段已知的短核昔酸序列,主要用于后續(xù)的上機(jī)測(cè)序
• Cell Barcode：片段長(zhǎng)度54bp，種類約為88萬種，一個(gè)膠珠對(duì)應(yīng)于一個(gè)特異Cell Barcode序列。
• UMI：在 mRNA反轉(zhuǎn)錄后，每一個(gè)mRNA隨機(jī)連上一個(gè)UMI，可以通過計(jì)數(shù)不同的UMI，最終確定mRNA的數(shù)量。
• Polv(dT)VN:與mRNA3’端的poly(A)結(jié)合,進(jìn)行后續(xù)的逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)

圖3：引物結(jié)構(gòu)示意圖。

3、cDNA生成與擴(kuò)增

GEMs形成后，細(xì)胞裂解釋放出mRNA；同時(shí)膠珠也會(huì)自動(dòng)溶解，釋放出大量含有Barcode序列的引物，并利用引物末端的Ploy(dT)VN序列捕獲液滴中的mRNA，并在一個(gè)個(gè)GEM中獨(dú)立完成mRNA逆轉(zhuǎn)錄，產(chǎn)生帶有Barcode和UMI信息的cDNA。隨后“油包水”結(jié)構(gòu)裂開，進(jìn)行cDNA擴(kuò)增。

將擴(kuò)增得到的cDNA純化后，可用于后續(xù)構(gòu)建測(cè)序文庫。由于每一個(gè)單細(xì)胞的cDNA文庫標(biāo)記上了細(xì)胞條形碼（Barcode）。測(cè)序時(shí)，就把攜帶相同Barcode的序列視為來自同一個(gè)細(xì)胞，達(dá)到區(qū)分細(xì)胞的目的。

以上就是生成GEMs、mRNA逆轉(zhuǎn)錄、以及cDNA合成與擴(kuò)增的全部?jī)?nèi)容。下期會(huì)具體介紹數(shù)據(jù)分析指標(biāo)的意義。

單細(xì)胞平臺(tái)-百創(chuàng)DG1000

百創(chuàng)DG1000是基于微流控、油滴包裹和Barcode標(biāo)記等技術(shù)來實(shí)現(xiàn)高通量的單細(xì)胞精準(zhǔn)捕獲。除了儀器以外，百創(chuàng)DG1000還有配套的2×4的獨(dú)立芯片及配套試劑盒。

百創(chuàng)DG1000部分?jǐn)?shù)據(jù)展示

人PBMC

大鼠PBMC

雞PBMC

鱉PBMC

黃顙魚PBMC

牡蠣PBMC

小鼠胚胎

某魚類食道

某植物細(xì)胞核

如果您對(duì)百創(chuàng)DG1000單細(xì)胞平臺(tái)感興趣，歡迎點(diǎn)擊下方按鈕聯(lián)系我們，我們將免費(fèi)為您設(shè)計(jì)文章思路方案。

10月27日，昆明動(dòng)物研究所基因組研究中心和北京百邁客生物科技有限公司（以下簡(jiǎn)稱“百邁客”）宣布達(dá)成戰(zhàn)略合作，在昆明動(dòng)物所舉辦了合作簽約儀式。由青島百創(chuàng)智能制造技術(shù)有限公司（以下簡(jiǎn)稱“百創(chuàng)智造”）自主研發(fā)的單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)百創(chuàng)DG1000正式投放至昆明動(dòng)物所基因組研究中心，雙方本著平臺(tái)共享、經(jīng)驗(yàn)共享的原則達(dá)成后續(xù)深入合作?；蚪M研究中心主任王國棟研究員與百創(chuàng)智造副總裁劉敏及百邁客農(nóng)學(xué)事業(yè)部總經(jīng)理王淑英就單細(xì)胞未來發(fā)展方向及應(yīng)用做了深入交流，并達(dá)成了重要戰(zhàn)略合作。此次合作將推動(dòng)單細(xì)胞研究在動(dòng)物領(lǐng)域的發(fā)展，讓單細(xì)胞技術(shù)能夠惠及更多的科研群體，同時(shí)也推動(dòng)百邁客科研進(jìn)步、技術(shù)革新。

昆明動(dòng)物所生物多樣性基因組中心主任王國棟（右三），百創(chuàng)智造副總裁劉敏（正中），百邁客農(nóng)學(xué)事業(yè)部總經(jīng)理王淑英（左三）

百創(chuàng)智造副總裁劉敏對(duì)本項(xiàng)目進(jìn)行介紹

百創(chuàng)智造副總裁劉敏表示：百創(chuàng)智造秉承“為生命科技研究提供更多可能”的理念，旨在創(chuàng)新開發(fā)儀器，芯片和試劑的同時(shí)，為實(shí)現(xiàn)生命科技核心儀器及配套試劑耗材的國產(chǎn)自主化貢獻(xiàn)力量。歷時(shí)3年潛心研發(fā)，于今年推出了單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)百創(chuàng)DG1000和空間轉(zhuǎn)錄組芯片百創(chuàng)S1000,本次很榮幸能在昆明動(dòng)物研究所投放DG1000儀器，希望在我們雙方共同合作下，助力科研工作者開啟時(shí)空轉(zhuǎn)錄組研究時(shí)代的同時(shí),逐漸提升國產(chǎn)平臺(tái)在生物技術(shù)研究領(lǐng)域的核心價(jià)值。

百邁客農(nóng)學(xué)事業(yè)部總經(jīng)理王淑英表示：目前我們百創(chuàng)DG1000單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)現(xiàn)已完成人、多種動(dòng)植物和微生物等樣本的科研合作項(xiàng)目百余個(gè)，積累了豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn);本項(xiàng)目旨在將百邁客提供自主研發(fā)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)儀器DG1000落戶昆明動(dòng)物所基因組實(shí)驗(yàn)中心，借助貴單位的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)共建單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)技術(shù)聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室，進(jìn)一步提升百邁客自主研發(fā)平臺(tái)在時(shí)空組學(xué)研究領(lǐng)域的認(rèn)可度，同時(shí)也希望能給貴單位的科研工作者提供更便捷高效的服務(wù)，最終實(shí)現(xiàn)互惠互利。

實(shí)驗(yàn)人員安裝及開始測(cè)試百創(chuàng)DG1000儀器

百創(chuàng)DG1000儀器介紹

單細(xì)胞極速微液滴系統(tǒng)百創(chuàng)DG1000，利用微流控、油滴包裹和Barcode標(biāo)記等技術(shù)來實(shí)現(xiàn)高通量的細(xì)胞捕獲，包含微液滴生成平臺(tái)，成套的試劑芯片耗材，提供從原始下機(jī)數(shù)據(jù)到基因表達(dá)量矩陣構(gòu)建的開源軟件。

圖4 百創(chuàng)DG1000產(chǎn)品組成

百創(chuàng)DG1000技術(shù)流程

百創(chuàng)DG1000利用Droplet技術(shù)來實(shí)現(xiàn)高通量的細(xì)胞捕獲。能夠一次性分離、并標(biāo)記500–10000個(gè)單細(xì)胞，從而獲得每個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組信息。

細(xì)胞與膠珠分別從Y型流道出來后經(jīng)過油相生成GEMs，僅在2 min內(nèi)可生成15-20W皮升級(jí)微液滴。

圖5 百創(chuàng)DG1000技術(shù)流程圖

百創(chuàng)DG1000產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)

百邁客單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)服務(wù)介紹

百邁客作為為數(shù)不多的同時(shí)擁有單細(xì)胞測(cè)序國內(nèi)外雙平臺(tái)的公司，擁有豐富的單細(xì)胞空間多組學(xué)項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)?，F(xiàn)已累計(jì)100+物種、制備200+種組織類型單細(xì)胞樣本。百邁客基于大量的動(dòng)植物單細(xì)胞檢測(cè)技術(shù)經(jīng)驗(yàn)，已經(jīng)建立成熟的單細(xì)胞懸液和植物單細(xì)胞核懸液制備體系，搭建了完善的分析流程。

百邁客開展的單細(xì)胞測(cè)序項(xiàng)目，不僅在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域蓬勃發(fā)展，農(nóng)學(xué)領(lǐng)域也迎頭趕上。項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)覆蓋人、鼠、畜牧類動(dòng)物、水生動(dòng)物、植物等，組織類型有分選的PBMC，肝、肺、胚胎、腸、耳蝸、皮膚、胃，植物的葉片、花、芽、根尖、幼果、幼莖等。無論簡(jiǎn)單還是復(fù)雜的組織類型，百邁客都堅(jiān)持創(chuàng)新、勇于挑戰(zhàn)、迎難而上！

百邁客單細(xì)胞部分項(xiàng)目案例

（僅展示近期項(xiàng)目，更多詳情請(qǐng)點(diǎn)擊下方按鈕聯(lián)系我們獲?。?/p>

2022 CBIC第四屆細(xì)胞生物產(chǎn)業(yè)大會(huì)、第二屆中國生物醫(yī)藥創(chuàng)新合作大會(huì)于2022年7月28-29日在北京隆重舉行。青島百創(chuàng)智能制造技術(shù)有限公司（百創(chuàng)智造）受邀參會(huì)。百創(chuàng)智造劉敏副總裁以“把薪助火 || 百萬級(jí)單細(xì)胞、亞細(xì)胞級(jí)分辨率空間轉(zhuǎn)錄組”進(jìn)行了主題演講，分別以單細(xì)胞測(cè)序助力靶藥研究、單細(xì)胞eQTL助力疾病醫(yī)療、時(shí)空組學(xué)指導(dǎo)臨床用藥等視角與眾多參會(huì)代表分享、探討了時(shí)空組學(xué)在精準(zhǔn)醫(yī)療領(lǐng)域的研究進(jìn)展與未來展望。

圖1 劉敏副總裁發(fā)表主題演講

圖2 劉敏副總裁和參會(huì)代表分享單細(xì)胞在醫(yī)療領(lǐng)域的研究進(jìn)展

同時(shí)，劉敏副總裁也分享了百創(chuàng)智造助力時(shí)空組學(xué)向臨床醫(yī)療邁進(jìn)的亞細(xì)胞級(jí)空間轉(zhuǎn)錄組芯片-百創(chuàng)S1000和單細(xì)胞微液滴平臺(tái)-百創(chuàng)DG1000。通過與來自全國各地參會(huì)代表的溝通和交流，參會(huì)代表對(duì)我們百創(chuàng)S1000可調(diào)節(jié)的亞細(xì)胞分辨率芯片和百創(chuàng)DG1000極快的單細(xì)胞微液滴系統(tǒng)產(chǎn)生了濃厚的興趣，并希望能夠進(jìn)一步探討和合作。

會(huì)議期間，到訪我們展臺(tái)的代表絡(luò)繹不絕。通過本次會(huì)議，我們也對(duì)國內(nèi)細(xì)胞生物研究在精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的發(fā)展有了新的理解，對(duì)單細(xì)胞多組學(xué)在臨床應(yīng)用有了更加明確的方向。這些也為我們?nèi)蘸蟮南嚓P(guān)工作提出了指導(dǎo)意見。

圖3 參會(huì)代表了解百創(chuàng)S1000和百創(chuàng)DG1000

百創(chuàng)智造單細(xì)胞平臺(tái)及配套試劑

為了突破單細(xì)胞試劑耗材及儀器長(zhǎng)期以來的國外技術(shù)壟斷，降低單細(xì)胞應(yīng)用的成本，讓單細(xì)胞技術(shù)能夠惠及更多的科研群體，經(jīng)過多年潛心研發(fā)，百創(chuàng)智造發(fā)布自主研發(fā)的極速單細(xì)胞微液滴系統(tǒng)-百創(chuàng)DG1000。百創(chuàng)DG1000是基于微流控、油滴包裹和Barcode標(biāo)記等技術(shù)來實(shí)現(xiàn)高通量的細(xì)胞捕獲。除了儀器以外，百創(chuàng)DG1000還有配套的2×4的獨(dú)立芯片及配套試劑盒（圖4）。

圖4百創(chuàng)DG1000

百創(chuàng)DG1000技術(shù)特點(diǎn)：

PBMC重復(fù)性檢測(cè)：將相同的PBMC細(xì)胞懸液分3份，通過3個(gè)不同實(shí)驗(yàn)人員，用3臺(tái)百創(chuàng)DG1000儀器，獨(dú)立進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序，得到了幾乎一致的細(xì)胞聚類分群結(jié)果，證明百創(chuàng)DG1000具有很好的可重復(fù)性及穩(wěn)定性（圖5）。

圖5 PBMC重復(fù)性測(cè)試數(shù)據(jù)

百創(chuàng)智造空間轉(zhuǎn)錄組芯片與配套試劑

為了打破空間測(cè)序市場(chǎng)被國外公司長(zhǎng)期占據(jù)，以及改變主流商業(yè)化平臺(tái)的分辨率較低的的局面，經(jīng)過多年的潛心研發(fā)，百創(chuàng)智造發(fā)布了基于微孔微珠的亞細(xì)胞級(jí)分辨率的空間轉(zhuǎn)錄芯片及配套試劑-百創(chuàng)S1000。該技術(shù)直接將空間組學(xué)分辨率從100μm（主流技術(shù)平臺(tái)）提高到~5μm的亞細(xì)胞水平，標(biāo)志著全面邁入國產(chǎn)化的空間轉(zhuǎn)錄組亞細(xì)胞技術(shù)時(shí)代的到來（圖6）。

圖6 百創(chuàng)S1000

百創(chuàng)S1000技術(shù)特點(diǎn)：

大鼠胚胎亞細(xì)胞分辨率實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)展示：與100μm分辨率（主流技術(shù)平臺(tái)）對(duì)比，高分辨率（~50μm）下HE染色組織形態(tài)學(xué)與spots聚類空間分布圖重合度更高，精準(zhǔn)識(shí)別空間基因表達(dá)的異質(zhì)性和組織區(qū)域的特異性（圖7）。

圖7：百創(chuàng)S1000胚胎亞細(xì)胞分辨率空間轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)結(jié)果

掃碼觀看CBIC北京細(xì)胞生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)大會(huì)報(bào)告視頻回放

如果您對(duì)我們的平臺(tái)感興趣，歡迎點(diǎn)擊下方聯(lián)系我們。

聯(lián)系我們