欧妇槡BBBB槡槡BBBBB,香蕉一级婬片A片久久精 http://urbisorbis.com BioMarker Mon, 03 May 2032 15:33:46 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=4.7.22 http://urbisorbis.com/wp-content/uploads/2020/04/cropped-512-512-32x32.png 最新數(shù)據(jù) – 百邁客生物 http://urbisorbis.com 32 32 Nanopore測序數(shù)據(jù)展示|基因組 http://urbisorbis.com/archives/16587 Fri, 10 May 2019 10:44:33 +0000 http://urbisorbis.com/?p=16587 三代測序儀以其超長讀長的優(yōu)勢，在基因組組裝中備受青睞，目前廣泛應(yīng)用的是PacBio三代單分子熒光測序和Nanopore三代單分子納米孔測序，因Nanopore測序讀長更長且通量高的特點(diǎn)，近幾年在基因組組裝應(yīng)用中嶄露頭角，先后在Nature Biotechnology上發(fā)表了人的基因組、Plant cell上發(fā)表了野生番茄基因組、Nature Genetics上發(fā)表了高粱基因組等等，測序技術(shù)已相當(dāng)成熟。

百邁客自2017年3月開啟ONT平臺研發(fā)立項(xiàng)，2018年8月又引進(jìn)2臺高通量測序儀PromethION。截至目前，百邁客已經(jīng)構(gòu)建將近200個(gè)物種的文庫，組裝近百個(gè)物種，從測序到分析已經(jīng)擁有相當(dāng)豐富的經(jīng)驗(yàn)。今天小編拿到了新鮮出爐的數(shù)據(jù)結(jié)果，忍不住和大家一起分享~~

ONT測序結(jié)果展示

作物類（部分）

林木類（部分）

動物（部分）

水產(chǎn)（部分）

中藥材（部分）

注：Species：分析的物種信息；SeqNum：各個(gè)長度范圍內(nèi)序列的數(shù)目；SumBase：指各個(gè)長度范圍內(nèi)序列的總長度；N50Len：reads N50長度；N90Len：readsN90長度；MeanLen：平均reads長度；MaxLen：最長reads長度；MeanQual：質(zhì)量值。

以上是總結(jié)的部分作物類、林木類、動物、水產(chǎn)和中藥材的下機(jī)數(shù)據(jù)結(jié)果展示，從以上的數(shù)據(jù)不難看出，平均raeds長度幾乎均在20Kb以上，最長reads高達(dá)1.6Mb以上（不同樣品DNA抽提難易程度不同，會造成一定的影響）。

基因組組裝結(jié)果展示

上表中最后一列MeanQual就是下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量值，與堿基準(zhǔn)確度的換算公式為：準(zhǔn)確度 = 1-10^(-Q/10)，經(jīng)計(jì)算? Nanopore下機(jī)數(shù)據(jù)單堿基的平均準(zhǔn)確率約為86%左右，這樣經(jīng)過校正的數(shù)據(jù)再用Canu、SMARTdenovo、WTDBG等軟件進(jìn)行基因組的組裝，再經(jīng)過二代數(shù)據(jù)的polish之后，堿基的準(zhǔn)確度可達(dá)到99.99%以上呢！

廢話少說，直接上組裝結(jié)果！

植物（部分）

動物（部分）

注：Species：分析的物種信息；CtgNum：contig數(shù)目；CtgLen：contig總長度；CtgN50：contigN50長度；CtgN90：contigN90長度；CtgMax：最長contig長度；GC(%)：GC含量占比。
從上表中的組裝結(jié)果展示，ContigN50平均達(dá)到了Mb級別（測序深度對Contig深度也是有一定影響的）Contig N50最長高達(dá)26.9Mb。組裝連續(xù)性還不錯(cuò)，但是基因完整性怎樣呢？不妨再看一下評估結(jié)果吧~組裝評估結(jié)果
BUSCO評估結(jié)果（部分物種）

注：物種：分析的物種信息；Complete BUSCOs：找到完整基因數(shù)；Complete and single-copy BUSCOs：其中單拷貝基因數(shù)；Complete and duplicated BUSCOs：多拷貝基因數(shù)；Fragmented BUSCOs：預(yù)測不完整基因數(shù)；Missing BUSCOs：沒有預(yù)測出來的基因數(shù)。

評估結(jié)果顯示基因完整度均在90%以上??！說明Nanopore數(shù)據(jù)的組裝連續(xù)性和完整性都是非常好的，是值得廣大科研工作者信賴的哦！

百邁客ONT平臺發(fā)展歷程

百邁客在Nanopore測序方面已經(jīng)積累了大量的經(jīng)驗(yàn)，也是中國大陸一家全部通過PromthION/GridION平臺及DNA/RNA樣本官方認(rèn)證的公司！若您對Nanopore測序感興趣，可隨時(shí)與我們聯(lián)系，我們將為您提供免費(fèi)的方案，助力您的科研之行！

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