文獻題目：Structural variation and parallel evolution of apomixis in citrus during domestication and diversification
發(fā)表期刊：《National Science Review》
發(fā)表時間：2022年6月14日
影響因子：23.18
第一作者：王楠 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
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華中農(nóng)業(yè)大學(xué)博士生王楠為該論文第一作者，鄧秀新院士為該論文通訊作者。本期文獻秀，我們就邀請王楠博士為大家?guī)肀酒墨I的科研分享。
活動信息
時間：2022年7月5日
地點：在線直播間
活嘉賓簡介
王楠 博士后
2022年畢業(yè)于華中農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝植物生物學(xué)教育部重點實驗室鄧秀新院士課題組，現(xiàn)為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳基因組研究所博士后。主要工作圍繞柑橘無融合生殖的進化研究開展?；谌后w基因組學(xué)解析了柑橘無融合生殖的平行進化特征和無融合生殖廣泛發(fā)生的進化機制。
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]]>2021年4月10日，《BMC plant biology》在線發(fā)表了名為“Cold acclimation can specifically inhibit chlorophyll biosynthesis in young leaves of Pakchoi”研究文章，該研究通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)和非靶向代謝組學(xué)聯(lián)合分析，選擇了候選基因及代謝物，并對其進行功能驗證，為解析不結(jié)球白菜“Y-05”葉色變化的機制提供了一定的依據(jù)。
文獻題目：Cold acclimation can specifically inhibit chlorophyll biosynthesis in young leaves of Pakchoi
發(fā)表期刊：《BMC plant biology》
發(fā)表時間：2021年4月10日
影響因子：4.215
第一作者：王惠玉? 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)
原文下載：點擊下載
本期文獻秀，我們邀請了本篇文章的第一作者王惠玉博士，針對該篇文章進行科研分享及討論答疑
活動信息
時間：1月21日 16:00
形式：免費線上直播
嘉賓簡介
王惠玉 博士
南京農(nóng)業(yè)大學(xué)博士在讀，主要研究方向為不結(jié)球白菜遺傳育種和分子生物學(xué)研究，非生物脅迫抗性機制等。
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本期分享文獻
文獻題目：Genome-Wide Identification and Expression Analysis of the MADS-Box Gene Family in Sweet Potato [Ipomoea batatas (L.) Lam]
發(fā)表期刊：《Frontiers in Genetics》
發(fā)表時間：2021年11月
影響因子：4.59
第一作者：邵正偉 廣東海洋大學(xué)
文獻原文：點擊查看
文獻導(dǎo)讀
MADS-box基因是植物中最大的轉(zhuǎn)錄因子家族之一，是廣泛存在于真核生物中的一類轉(zhuǎn)錄因子，它在植物生長發(fā)育中起著重要作用，參與花和果實的生長發(fā)育。甘薯是一類具有很高價值的糧食作物和能源作物。目前對甘薯MADS-box基因的報道較少，對甘薯MADS-box基因的全基因組鑒定和分類研究尚未見報道。本研究首次對甘薯MADS-box基因進行了綜合分析，鑒定了甘薯中的MADS-box基因，分析了這些基因的結(jié)構(gòu)和蛋白，并與擬南芥MADS-box蛋白進行系統(tǒng)發(fā)育分析。本研究還確定了甘薯MADS-box基因的MADS結(jié)構(gòu)域和核心motif，也在甘薯MADS-box基因的啟動子區(qū)域發(fā)現(xiàn)了光響應(yīng)、生長素響應(yīng)、干旱誘導(dǎo)和茉莉酸甲酯響應(yīng)等順式作用元件，進一步揭示了MADS-box基因?qū)Νh(huán)境變化和激素響應(yīng)的調(diào)控基礎(chǔ)。此外，還通過RNA-seq分析了這些基因在不同組織的特異性表達模式，并進行了驗證。本研究從多個角度分析甘薯MADS-box基因的分子基礎(chǔ)，研究了MADS-box基因?qū)Ω适砩L發(fā)育的影響，為甘薯分子育種提供一定的理論依據(jù)。
研究結(jié)果
1、甘薯 MADS-Box家族的鑒定和結(jié)構(gòu)分析
從甘薯全基因組中鑒定出95個MADS-Box基因，根據(jù)基因結(jié)構(gòu)，被分為兩類，I 型和 II型。不同類型的 MADS-Box基因結(jié)構(gòu)有明顯的區(qū)別。大多數(shù)I 型基因長度小于2 kb, 且具有一至兩個長片段外顯子， II型基因長度超過3 kb， 超過6個外顯子，大多數(shù)的外顯子片段是短的。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測分析表明甘薯 MADS-box 基因包含除MADS域的其它結(jié)構(gòu)域。大多數(shù)I 型基因包含數(shù)量不等的低復(fù)雜性區(qū)域結(jié)構(gòu)和卷曲線圈區(qū)域結(jié)構(gòu)，21個 II型基因包含K-box結(jié)構(gòu)域，K-box結(jié)構(gòu)域通常與SRF型TFs相關(guān)，也是 II型MADS-box 基因的特征結(jié)構(gòu)域。
2、MADS 蛋白的系統(tǒng)進化分析
通過MEGA-X構(gòu)建了甘薯，甘薯近緣野生種和擬南芥的MADS-Box蛋白。根據(jù)擬南芥MADS蛋白的分類，甘薯I 型MADS蛋白分為三個亞家族：Mα, Mβ,和Mγ。II型MADS蛋白質(zhì)分為12個亞家族。其中，Mα亞家族和Mβ亞家族各有27種蛋白質(zhì)，Mγ亞家族中16種蛋白質(zhì)含量較少，這與擬南芥蛋白質(zhì)亞家族的分布相似。然而，甘薯近緣野生種I 型MADS蛋白主要在Mα 亞家族中集中分布，Mβ和Mγ亞家族中各只有一個MADS-Box基因。甘薯 II型MADS基因在分類上更接近甘薯近緣野生種。甘薯的II型MADS基因沒有出現(xiàn)在 FLC或TT16亞家族中，在其它亞家族中都有分布，有一至六種蛋白質(zhì)。
3.、MADS-Box的染色體定位
對甘薯中95個MADS-box基因進行了染色體定位。結(jié)果表明，除了LG3染色體外，MADS-box基因在甘薯其他14條染色體上的數(shù)量也有所不同。超過10個MADS-Box基因分布在LG7、LG8、LG11和LG15染色體上。LG1、LG5和LG12染色體包含較少的MADS-Box基因，只有一到三個。
4.、MADS蛋白的保守基序分析
甘薯中MADS蛋白基序的數(shù)量存在一定的差異。所有基因都有基序1，可編碼28個氨基酸。超過90個基因包含基序2和基序5。這三個基序編碼的51個氨基酸是MADS-box基因的核心基序。
5.、MADS-Box基因啟動子區(qū)域的順式作用元件分析
根據(jù)在線工具預(yù)測MADS基因的順式作用元件，所有甘薯MADS-Box基因都含有3-12個光相應(yīng)元件，ABA響應(yīng)元件、生長素響應(yīng)元件、還有少量調(diào)節(jié)元件，如晝夜節(jié)律控制元件、分生組織表達元件、水楊酸響應(yīng)元件、低溫響應(yīng)元件、赤霉素響應(yīng)元件、防御和應(yīng)激響應(yīng)元件，暗示MADS-box基因可以響應(yīng)各種環(huán)境變化，協(xié)調(diào)甘薯的生長發(fā)育。
6.、MADS-Box基因的表達譜
為了研究MADS-box基因在甘薯中的表達模式，轉(zhuǎn)錄組測序表明大多數(shù)甘薯MADS-box基因存在表達特異性。34個基因在甘薯花和果實中特異表達，其余基因在營養(yǎng)組織如根和莖尖中高表達。大量I型基因主要在莖尖表達，提示Ⅰ型基因在一定程度上參與了甘薯地上部分的營養(yǎng)生長過程。
總體而言，甘薯MADS-box基因參與了甘薯花和果實等生殖器官的生長發(fā)育。它們在甘薯的根、莖和葉等營養(yǎng)生長和發(fā)育過程中至關(guān)重要。
本期文獻秀我們邀請到了本篇文獻的第一作者為我們分享他的研究思路和文獻內(nèi)容，活動信息如下：
活動信息
時間：12月10日 16:00
形式：免費線上直播
本期分享嘉賓
邵正偉 碩士
廣東海洋大學(xué)碩士，研究方向為甘薯遺傳育種、甘薯塊根發(fā)育機理相關(guān)研究。目前已發(fā)表一篇中文核心和一篇二區(qū)SCI，擅長生物信息學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)分析與可視化處理。
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本期文獻秀直播就分享一篇案例，帶領(lǐng)大家進入多組學(xué)聯(lián)合分析的新視野。
本期分享文獻
文獻題目：Multiomics analysis reveals new insights into the apple fruit quality decline under high nitrogen conditions
發(fā)表期刊：《Journal of Agricultural and Food Chemistry》
發(fā)表時間：2021年05月
影響因子：5.279
第一作者：王芬 山東農(nóng)業(yè)大學(xué)
文獻解讀：點擊查看
原文下載：點擊下載
活動信息
時間：11月26日 16:00
形式：免費線上直播
? ? ? 氮是果樹必需礦質(zhì)元素中的核心元素，對果實產(chǎn)量的形成和品質(zhì)的提高具有重要作用。然而，氮肥的過量施用是我國蘋果生產(chǎn)中普遍存在的問題。過量施氮不僅導(dǎo)致氮肥利用率下降和環(huán)境污染問題，還會導(dǎo)致蘋果品質(zhì)下降，影響經(jīng)濟效益。因此研究過量施氮導(dǎo)致蘋果品質(zhì)下降的生理機制，對改變蘋果園氮肥施用現(xiàn)狀、減少氮肥的投入與提高蘋果品質(zhì)具有重要意義。為此，以富士蘋果樹為試材，采用轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)聯(lián)合分析，結(jié)合15N和13C同位素雙標記技術(shù)，研究了高氮對蘋果碳代謝通路、氮代謝通路、碳-氮營養(yǎng)及果實品質(zhì)的影響，以期為蘋果降氮提質(zhì)提供理論依據(jù)。
本期分享嘉賓
王芬 博士
山東農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院果樹學(xué)博士。研究方向為果樹營養(yǎng)生理與生物信息學(xué)。以第一作者在Journal of Agricultural and Food Chemistry, Science of the Total Environment, Frontiers in Plant Science等期刊發(fā)表論文4篇，累計影響因子24.7。
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該研究首次公布了棉屬中二倍體圓葉棉基因組，并對亞洲棉和雷蒙德氏棉基因組進行了升級，解析了轉(zhuǎn)座子活動驅(qū)動的基因組大小進化特征，從轉(zhuǎn)座子擴增和染色質(zhì)空間結(jié)構(gòu)角度為棉花物種進化提供新的見解，為植物中轉(zhuǎn)座子活動介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控進化研究提供參考。
本期文獻秀我們邀請了李健英博士為我們分享棉花轉(zhuǎn)座子與基因組三維結(jié)構(gòu)進化的奧秘。
活動信息
時間：11月12日 16:00
形式：免費線上直播
本期分享文獻
文獻題目：Comparative Genome Analyses Highlight Transposon-Mediated Genome Expansion and the Evolutionary Architecture of 3D Genomic Folding in Cotton
發(fā)表期刊：《Molecular Biology And Evolution》
發(fā)表時間：2021年05月
影響因子：16.24
第一作者： 李健英 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
文獻原文下載：點擊下載
詳細文獻解讀：點擊查看
本期分享嘉賓
李健英 博士后
李健英，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)博士后，作物遺傳改良國家重點實驗室Research Associate。近年來，挖掘了棉花受蟲害侵染后的基因庫；剖析了棉花再生的分子機制和基因編輯脫靶效應(yīng)；組裝了多個棉花參考基因組和泛基因組；揭示了棉花屬基因組大小進化規(guī)律；解析了纖維品質(zhì)性狀形成的基因組學(xué)基礎(chǔ)。從2016年至今，以第一（含共同）作者在Genome Biology, Molecular Biology and Evolution, Plant Biotechnology Journal (3篇)等發(fā)表6篇，以參與作者在Nature Genetics, Nature Plants, Advanced Science等發(fā)表15篇，被引超過1200次。主持了國家自然科學(xué)基金、博士后面上基金、湖北省博士后創(chuàng)新崗位等項目，獲得了中國作物學(xué)優(yōu)秀博士論文。受邀在國際動植物基因組大會、華人基因組沙龍、長三角博士生論壇等作報告5次。
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中文題目：轉(zhuǎn)錄組分析揭示了不同土壤含水量條件下甘肅內(nèi)生真菌改變了宿主醉馬草激素生物合成和響應(yīng)通路
英文題目：Transcriptome Analysis Revealed Plant Hormone Biosynthesis and Response Pathway Modification by Epichlo? gansuensis in Achnatherum inebrians under Different Soil Moisture Availability
期刊: Journal of Fungi
影響因子:5.816 (2020年)
發(fā)表時間：2021年08月
文獻解讀：點擊這里
第一作者：趙振銳 蘭州大學(xué)
直播文獻研究背景
干旱是影響植物正常生長和限制作物產(chǎn)量的重要因素之一。醉馬草是禾本科芨芨草屬的多年生草本植物，廣泛分布在我國西北地區(qū)。野生醉馬草內(nèi)生真菌帶菌率近乎100%，二者的互利共生使醉馬草適應(yīng)了我國西北地區(qū)長期干旱的氣候。本研究以醉馬草內(nèi)生真菌共生體為試驗材料，在溫室盆栽條件下設(shè)置三個水分梯度處理，通過形態(tài)學(xué)指標的測定結(jié)合轉(zhuǎn)錄組測序的分析，明確內(nèi)生真菌和水分互作對醉馬草激素合成和響應(yīng)通路上差異基因表達的影響，并通過ELISE測定水楊酸和茉莉酸含量，從植物激素的視角來探究內(nèi)生真菌提高宿主醉馬草對干旱脅迫的響應(yīng)機理。
本期文獻秀，我們就邀請了本文的第一作者趙振銳來給大家分享該篇文獻的科研經(jīng)歷。
活動信息
時間：09月28日 16:00
形式：免費線上直播
嘉賓介紹
趙振銳 碩士
畢業(yè)于蘭州大學(xué)草地農(nóng)業(yè)科技學(xué)院，獲得推免資格在蘭州大學(xué)草地農(nóng)業(yè)科技學(xué)院攻讀碩士學(xué)位，主要研究方向為植物-微生物互作提高宿主植物抗逆機理研究，以第一作者在《草業(yè)科學(xué)》和《Journal of Fungi》期刊發(fā)表文章各一篇，授權(quán)國家計算機軟件著作權(quán)1件。
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]]>時間：09月17日 16:00
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文獻研究背景
植物的根往往被土壤細菌所侵染，這些細菌被認為是抗生素抗性基因(ARGs)的主要接納體。ARGs可以在這些微生物和病原體之間轉(zhuǎn)移，但這些ARGs和病原體在多大程度上從土壤傳播到植物的機制還不清楚。作者使用擴增子和宏基因組測序研究了紅樹林幼樹土壤-根系連續(xù)體的高分辨率抗性剖面。數(shù)據(jù)顯示，91.4%的ARGs在4個與根系相關(guān)的空間(內(nèi)圈、epis圈、根圈和未種植土壤)共享。與微生物區(qū)隔選擇動力學(xué)不同，導(dǎo)入以一種連續(xù)的方式散布在土壤-根系連續(xù)體上。這種傳播與潛在的根系相關(guān)的細菌和真菌微生物群無關(guān)，但可能是由多種可移動遺傳元素促進。創(chuàng)傷弧菌、致病性大腸埃希菌和肺炎克雷伯菌作為多藥耐藥病原菌，在4個隔室中均占主導(dǎo)地位，表明抗生素病原菌可能沿土壤-根系連續(xù)體傳播。通過解讀根系相關(guān)抗性和病原體的形態(tài)和動態(tài)，作者的研究確定了土壤-根系連續(xù)體是一個相互連接的匯，通過它，某些ARGs和病原體可以從土壤流向植物。
本期文獻秀，我們就邀請了本文的第一作者胡瑞文博士來給大家分享該篇文獻的科研經(jīng)歷。
本期分享文獻
文獻題目：Prevalence of antibiotic resistance genes and bacterial pathogens along the soil-mangrove root continuum
發(fā)表期刊：《Journal of Hazardous Materials 》
發(fā)表時間：2021年4月
影響因子：10.588
第一作者：胡瑞文 中山大學(xué)
點擊查看文獻解讀：
https://mp.weixin.qq.com/s/mSf-OFUapJw6Upy1Yf9BYg
本期分享嘉賓
胡瑞文 博士
主要從事環(huán)境微生物組相關(guān)研究，關(guān)注的研究方向：1，環(huán)境污染物的微生物降解；2，環(huán)境微生物的相互作用機制； 3，河口與海洋生態(tài)系統(tǒng)中微生物介導(dǎo)的元素循環(huán)。
張雨 研發(fā)工程師
畢業(yè)于武漢大學(xué)，具有5年微生物組學(xué)研究經(jīng)驗，目前負責(zé)宏基因組生信分析相關(guān)研發(fā)工作。
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植物通常通過多種機制促進污染物的生物修復(fù)，如各種根分泌物如糖、有機酸、蛋白質(zhì)可以通過增加微生物種群和降解基因的豐度和多樣性，以及促進有機污染物降解酶的發(fā)展。然而，有報道稱根系分泌物對有機污染物的降解沒有影響或有負面影響。因此，對植物輔助微生物降解的更好理解尚待確定。
在本研究中，研究團隊利用DNA穩(wěn)定同位素探測(SIP)和宏基因組學(xué)研究黑麥草在土壤菲降解中的作用，以揭示植物修復(fù)研究中相互矛盾的結(jié)果的可能解釋。2020年12月29日，研究成果以“Shifts in a Phenanthrene-Degrading Microbial Community are Driven by Carbohydrate Metabolism Selection in a Ryegrass Rhizosphere”為題，在線發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊Environmental Science & Technology。本期文獻秀邀請了本文第一作者江龍飛博士為大家?guī)碓摽蒲许椖康难芯拷?jīng)歷。
本期分享文獻
文獻題目：Shifts in a Phenanthrene-Degrading Microbial Community are Driven by Carbohydrate Metabolism Selection in a Ryegrass Rhizosphere
發(fā)表期刊：《Environmental Science & Technology?》
發(fā)表時間：2021年2月
影響因子：7.653
第一作者：江龍飛?中國科學(xué)院廣州地球化學(xué)研究所
活動信息
時間：8月26日 16:00
形式：免費線上直播
本期分享嘉賓
江龍飛?博士
主要從事環(huán)境污染微生物修復(fù)研究。提出了基因同義非同義突變比值可以作為微生物環(huán)境壓力響應(yīng)指標，解決了植物對微生物修復(fù)能力影響存在矛盾性結(jié)果的背后機制，證實延胡索酸能夠作為有機污染修復(fù)增強劑，并明確了植物根系自然腐爛過程對功能微生物特別是污染物降解菌的影響。
余衫 研發(fā)工程師
畢業(yè)于華中農(nóng)業(yè)大學(xué)，目前任百邁客微生物產(chǎn)品部研發(fā)工程師
分享主題
| 時間 | 主題 |
|---|---|
| 16:00-16:40 | 江龍飛：黑麥草根際碳水化合物代謝驅(qū)動菲降解微生物群落的變化 |
| 16:40-17:20 | 余衫：如何利用百邁客云進行微生物多樣性和宏基因組數(shù)據(jù)分析 |
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文章題目：Evaluation of Sample Preservation Approaches for Better Insect Microbiome Research According to Next-Generation?and Third-Generation Sequencing
發(fā)表期刊：《Microbial Ecology》
發(fā)表時間：2021年3月
影響因子：4.55
第一作者：楊子文 中山大學(xué)
原文下載：>>點擊下載
昆蟲的共生微生物參與了寄主生存與適應(yīng)的諸多重要環(huán)節(jié)，包括消化、營養(yǎng)和防御等，時常發(fā)揮著關(guān)鍵的作用，因此也被視為推動昆蟲快速演化的關(guān)鍵因素之一。隨著對于昆蟲共生微生物的研究從模式生物和經(jīng)濟類群逐漸拓展到更大多樣性規(guī)模的昆蟲物種，如何在長時間的野外采集工作中高質(zhì)量地保存樣品，也成為后續(xù)研究中需要有效應(yīng)對的一項挑戰(zhàn)。
本文對昆蟲樣品野外保藏的四種常見方法進行了評估，并分別采用了二代測序技術(shù)以及三代測序技術(shù)對平行數(shù)據(jù)進行分析。2021年3月11日，研究成果以“Evaluation of Sample Preservation Approaches for Better Insect Microbiome Research According to Next-Generation and Third-Generation Sequencing”為題，發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊《MICROBIAL ECOLOGY》上。
本期文獻秀邀請了本文第一作者楊子文博士為大家?guī)碓摽蒲许椖康难芯拷?jīng)歷。
活動信息
時間：8月13日 16:00
形式：免費線上直播
本期分享嘉賓
楊子文 博士
中山大學(xué)生態(tài)學(xué)專業(yè)，獲得南京大學(xué)學(xué)士學(xué)位以及中山大學(xué)碩士學(xué)位。研究方向為利用組學(xué)技術(shù)以及生物信息學(xué)研究蝽類昆蟲與微生物共生關(guān)系的演化。
李漢洲 產(chǎn)品經(jīng)理
畢業(yè)于哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，具有6年微生物組學(xué)研究經(jīng)驗，現(xiàn)任百邁客微生物產(chǎn)品經(jīng)理。
分享主題
| 時間 | 主題 |
|---|---|
| 16:00-16:40 | 楊子文：基于二代以及三代測序技術(shù)對常用昆蟲共生微生物樣品保存方法的評估 |
| 16:40-17:20 | 李漢洲：Pacbio測序技術(shù)在微生物多樣性研究中的優(yōu)勢 |
| 17:20-17:30 | 討論環(huán)節(jié) |
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]]>2021年6月5日，《International Journal of Molecular Sciences》在線發(fā)表了名為“Comparison of Gut Bacterial Communities of Grapholita molesta (Lepidoptera: Tortricidae) Reared on Different Host Plants”的研究文章，該文章基于16S rDNA測序技術(shù)，對采食人工飼料(蘋果、梨、油桃、桃子、李子和桃芽)的梨小食心蟲腸道菌群結(jié)構(gòu)進行了研究，探討了寄主植物對其腸道菌群的影響。
本期文獻秀，我們邀請了該論文的第二作者張宣博士，為大家?guī)碓摽蒲许椖康难芯拷?jīng)歷。
活動信息
時間：7月30日 16:00
形式：免費線上直播
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英文題目：Comparison of Gut Bacterial Communities of Grapholita molesta (Lepidoptera: Tortricidae) Reared on Different Host Plants
發(fā)表雜志：《International Journal of Molecular Sciences》
發(fā)表時間：2021年6月
影響因子：5.923
第一作者：張宣
文獻原文：點擊下載
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張宣 博士
西北農(nóng)林科技大學(xué)植物保護專業(yè)博士在讀，研究方向為農(nóng)業(yè)昆蟲與害蟲防治。致力于運用多組學(xué)及生物信息學(xué)方法解決梨小食心蟲在不同寄主間的適應(yīng)機制。
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取食不同寄主植物的梨小食心蟲腸道細菌群落比較
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